正德十六年三月十三日，弥留之际的正德皇帝叫来身边的两个太监说道：“朕疾不可为矣。其以朕意达皇太后，天下事重，与阁臣审处之。前事皆由朕误，非汝曹所能预也。”留下遗言后，武宗驾崩于豹房。
内阁大学士杨廷和与慈寿皇太后（武宗生母）商议后，以武宗的名义颁布遗诏：
朕疾弥留，储嗣未建，朕皇考亲弟兴献王长子厚熜年已长成，贤明仁孝，伦序当立，已遵奉祖训兄终弟及之文，告于宗庙，请于慈寿皇太后，即日遣官迎取来京，嗣皇帝位，奉祀宗庙。
遗诏清晰地说明皇位传于朱厚熜的原因“遵奉祖训兄终弟及”，所以并不是一些朋友认为的杨廷和挑选的皇帝。而且武宗尚未驾崩，朝廷的官员们已经很清楚皇位将属于朱厚熜了。具体的原因笔者尝试解释一下。
武宗朱厚照没有子嗣加上他唯一的亲兄弟朱厚炜幼年夭折，按照宗法伦序，继承人就得上推到他的父亲孝宗一辈开始排序。孝宗一脉兄弟四人，两位兄长早逝且无子嗣。四弟兴献王朱祐杬也已逝，但有二子，长子朱厚熙此时已亡故，按照“兄终弟及”的原则，皇位必须是兴王第二子朱厚熜的。
不要说朝廷上下都知道这个事实，朱厚熜本人也非常清楚他就是皇位最合理的继承人。所以朱厚熜并不会感激杨廷和的拥立之功（杨廷和自己也非常清楚），这也是后来他与杨廷和矛盾迅速激化的一个原因。
遗诏中的一句话“嗣皇帝位”，成了杨廷和与继位的嘉靖皇帝之间冲突爆发的导火索。正德十六年四月，从湖广安陆赶往京师准备登基称帝的朱厚熜，在北京西南良乡这个地方停下了脚步。
因为礼部传来消息，让朱厚熜以弘治皇帝继子的身份从东安门入皇宫先承皇太子位，在登基称帝。杨廷和为什么要这么做？有两个原因，一是出于对孝宗的敬仰，不希望孝宗绝嗣；二是想通过此举打压新任皇帝，便于以后控制，以免再像武宗那样和文臣产生剧烈冲突。
只是杨廷和把问题想得太简单，他的想法从宗法上就不合理。第一，宗法制度上一般不会给死人过继（过继需要双方同意）；第二，朱厚熜是兴王一脉唯一子嗣，如果过继就意味着让兴献王一脉绝嗣，这也是宗法不容的；第三，宗法有规定“长子不得为人后”。
朱厚熜虽然年少（只有十四岁）这些基本宗法规格也都懂，同时他也洞悉了杨廷和的目的，所以直接以遗诏回绝了内阁的要求，“遗诏以我嗣皇帝位，非皇子也”。并强硬表态，不遵从遗诏，他宁可放弃皇位回藩。
被当头棒喝的杨廷和只能妥协，朱厚熜从大明门（皇帝、皇后专用的门）入皇宫，在奉先殿登基。为防止日后文官们再纠结此事，嘉靖在诏书中特意说明“奉皇兄遗命入奉宗祧”，以表明自己不是通过过继获取皇位的。
但是杨廷和没有甘心，很快他又发动了第二轮攻击，也正式拉开了“大礼议”的大幕。
登基后的嘉靖面临的第一个问题是自己父亲的祭祀问题。因为他现在是皇帝，他的父亲只是藩王，天子没有祭祀藩王的道理。但是天子作为天下的楷模和表率，于情于礼又不能不祭祀自己的父亲。
嘉靖就传旨礼部为自己的父亲议定一个庙号（只有皇帝才能有庙号），好将父亲的牌位移入太庙，以便自己祭祀。杨廷和以“为人后者为之子”（意思就是继承了别人的皇位就应该成为别人的子嗣），封驳了嘉靖的要求。
说明：明朝的内阁从制度上来说没有封驳皇帝旨意的权力，内阁的阁臣不同意皇帝的意思，最多只能不票拟附署。实际上杨廷和想退回嘉靖的圣旨，他可以不附署让礼部的给事中去封驳（明朝给事中有封驳权）。所以后来嘉靖皇帝斥责杨廷和专权跋扈也不是没有道理。
他直接提出嘉靖应该认孝宗为父。至于兴献王的绝嗣问题，也很好解决，从其他近支宗室过继一人做兴献王的子嗣，承袭王位即可。
杨廷和还举了两个例子：一个是汉哀帝无子，过继陶王之子后立为太子；一个是宋英宗无子，过继濮王之子，继承大统。最后杨廷和还指出，孝宗为成化皇帝子嗣中的大宗，所以必须将其他小宗过继来继承大宗子嗣。
嘉靖怎么可能同意，但是他礼法功底不厚，一时又驳不倒杨廷和。僵持之下，嘉靖试图通过优抚杨廷和，并向毛澄行贿（送黄金）来改变内阁的主意，但是二人均不为所动。
没办法的嘉靖只能强行下诏为其父加尊号，但数次都被内阁封还，杨廷和还以辞职相威胁，嘉靖看着一百多位大臣联名上表的挽留疏，哪里敢同意辞呈。
嘉靖觉得自己皇帝的威权正在逐渐丧失，沦为傀儡似乎也是指日可待，但他却毫无办法。七月初三转机出现，新科进士张璁上《大礼疏》。
张璁认为嘉靖即位是继承皇统（为皇族接掌帝位），而非继承皇嗣（为先帝一脉延续后嗣），即所谓“继统不继嗣”，皇统不一定非得父子相继。其次张璁指出杨廷和列举的二例中，陶王、濮王的儿子都是在汉哀帝、宋英宗还在世的时候就过继的。
按照宗法制度中“长子不得为人后”的原则，嘉靖作为兴献王长子也不能过继给其他人。最后张璁以汉宣帝以汉昭帝侄孙的身份继承大统但没有过继给汉昭帝为例，说明了统和嗣不同，继统没有必要继嗣。
嘉靖大喜过望，“此论一出，吾父子必终可完也”。然而杨廷和并不买账，他斥责张璁“书生焉知国体”，并且在他的示意下，言官纷纷弹劾张璁。但是舆论的天平已经开始倒向嘉靖这一边。
被众多言官弹劾的张璁非但没有害怕，反而又上了一道奏疏《大礼或问》。这篇奏疏里张璁将自己的理由系统性地重新论证了一番，并附上了很多前朝的例证。
这道奏疏引起的震动远超《大礼疏》，众多文官不得不承认张璁更有道理。前三边总制杨一清给吏部尚书的信中写道：“张璁此论即使孔孟再生也无法改之。”
舆论上已经陷入被动的杨廷和只得再次妥协，同意称嘉靖生父为本生兴献帝，母亲为本生兴献后，但是不加“皇”字，同时皇帝需要称呼孝宗为皇考，相当于让嘉靖认了两位父亲。但妥协并不代表着双方就此停战。
杨廷和将张璁赶出了京师，调任南京刑部主事。同时将支持自己的云南巡抚何孟春调任为吏部侍郎，林俊任命为工部尚书。杨廷和此举在公然挑战规则，首先杨廷和不是吏部尚书，无权任命官员，其次内阁本质上只有票拟权，没有奏事权。（用现代的说法就是内阁只能批复如何处理工单，但是不能主动提出工单）
嘉靖也没有闲着，他继续下诏要求给自己的父亲加上完整称号（有庙号、尊号、谥号一共二十一个字），但是几次下诏均被杨廷和封还。杨廷和的跋扈也引起了一些人的不满，兵科给事中弹劾杨廷和“昔日钱宁、江彬专权纳贿不去追究，先皇自封威武大将军不去追究，如今却要为皇帝对生身父母的称呼在这里争，实在是欺国。”
面对弹劾，杨廷和再次提出辞职，为了安抚杨廷和，嘉靖将上疏的给事中下狱。但是明眼人都知道，这对君臣的关系已经不可挽回，嘉靖再积蓄一些力量必然就会动手。
嘉靖二年，二人因派宦官去江南监督织造的事情再起冲突，杨廷和又提出辞呈，嘉靖没有挽留直接批准了请求，并给了杨廷和一个“不守臣道”的总结。
杨廷和虽然致仕，但是嘉靖的目的并未达到，礼仪的斗争自然就不可能结束。嘉靖三年，桂萼上疏，指出皇帝应该称孝宗为皇伯考，称自己的父亲为皇考，并附上了其他人的联名(桂萼的意思是皇帝只应该认生父为父亲)。此举正中嘉靖下怀，但是也彻底激怒了在京的文官们。
在京的两百多名官员联名上疏抵制，嘉靖觉得势孤难支，准备调张璁、桂萼入京帮助自己战斗。官员们怕张璁、桂萼来后理论不过，就退了一步同意皇帝称生父为皇考。但是同时也得继续尊弘治为皇考，并禁止张璁、桂萼入京，嘉靖对这个结果还能接受，就同意了。
为什么文臣们这么醉心于让嘉靖皇帝认弘治为父亲呢？一个原因是出于对弘治皇帝的认可，因为弘治是难得的比较顺从文官，愿意垂衣拱手做菩萨的皇帝（也是希望把嘉靖改造成弘治）。另一个原因是希望借这个机会压制住嘉靖皇帝，尤其是不能让嘉靖通过宗法礼制在文官集团中制造分裂，进而控制他们。
走到凤阳的张、桂二人得到消息后立刻上疏嘉靖，要求皇帝去掉生父“本生”的称号，因为“本生”意味着生父比弘治矮了一截。嘉靖也意识到自己的失误，命令张、桂继续入京。一场史无前例的风波终将爆发。
官员们愤怒于张、桂二人迎合皇帝，背叛文官集团，以杨慎（杨廷和的儿子）为首的一批翰林院学士打算埋伏在左顺门，拦下入宫的张、桂二人直接打死，结果事泄未成。张、桂二人躲入武定侯郭勋府中，局势已经变得非常紧张。
七月十五日这天散朝后，群臣并未散去，议论往事。谈到成化皇帝生母不愿意与英宗皇后钱氏合葬的往事，当时也是群臣集体请愿最终迫使周氏屈服。再联想到现今时局，官员们纷纷激动起来。
杨慎借机高喊：“国家养士百五十年，仗节死义，正在今日。”恰当的时机，恰当的口号，一下子就激发出官员心中的血性。两百多官员齐聚于左顺门，痛哭呐喊，要求皇帝收回成命，不然他们就不走。
见他们从早上折腾到中午也不肯离开，嘉靖意识到这是登基以来最大的考验，进一步将独掌乾坤，退一步沦为傀儡。于是嘉靖先安排宦官记录人名，然后命令锦衣卫捉拿全部官员，两日后共一百八十多名官员被判廷杖，其中十七人被直接打死。
至此大礼议的”争“可以说已经结束了，后面就是嘉靖利用大礼议一个人的表演了。因为在皇帝的大棒威慑下，官员们已经噤若寒蝉，之前的理想与豪气都烟消云散，哪里还敢与皇帝再起“争”执。
最终嘉靖将自己生父追谥为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭俭敬文献皇帝”，庙号睿宗。并加明堂配享之礼（即春秋大祭，要与在位皇帝之父合祭，为此导致明太宗庙号被改为明成祖）。
说明：皇帝的庙号通用祖、宗这两个字，开国皇帝用祖，后嗣皇帝用宗。明朝太庙使用是祧迁制，太庙正殿最多九位皇帝享受春秋大祭，多出来的皇帝神位迁入远祖之庙（太庙后殿），嘉靖时太庙正殿的皇帝神位已满。嘉靖要把睿宗奉入太庙就得先迁一个出去，开国皇帝朱元璋是不能动的，按照时间顺序的请出朱棣（明太宗）。但是朱棣又是靖难上位，没他，嘉靖这一系也没机会做皇帝，所以嘉靖也不敢把朱棣请出去。怎么办呢？嘉靖就把朱棣庙号由太宗改为成祖，与朱元璋同级，这样就可以迁朱棣后面的神位了。这就是朱棣有双庙号的由来，其实这也相当于间接承认了朱棣篡位的事实。
大权在握的嘉靖露出了自己的獠牙，也将自己睚眦必报的性格展露无遗。从嘉靖三年到嘉靖七年，嘉靖通过李福达案、哈密事件（后续会出文详说，如有兴趣还请关注笔者）对官员们展开了一连串的清洗，其最终目标大家其实都知道 – 杨廷和。
嘉靖七年，在嘉靖的安排下《明伦大典》编撰完成，大典详细记录了正德十六年到嘉靖三年群臣的奏疏，对伦理、宗法、礼仪等问题再一次进行了系统的论证，嘉靖通过此举将自己的战果（对宗法礼制的解释权）以书面的形式确立下来。
至此对杨廷和的定罪就顺理成章且无人敢反对了。很快杨廷和被定朋党、欺君、蔑视皇帝等数项罪名，判死罪。见搞臭杨廷和的目的达到，嘉靖就开始榨取杨廷和的最后一点价值 – 示以宽宏，收买人心。
嘉靖特旨宽大处理，免死罪将杨廷和削职为民。杨廷和上表谢恩（杨廷和不能不屈服，不然罪加一等要夷族的），并于次年病逝于新都。权力斗争的个中滋味，怕是只有杨廷和自己知道了。
明穆宗（嘉靖皇帝的儿子）登基后，停止了睿宗的名堂配享之礼。并复杨廷和官职，追赠太保，谥号“文忠”。至此大礼议算是正式画上了句号。