CentOS singularity（HPC） 安装以及简单使用

singularity 使用规范

环境

• linux centos >= 7.9
• Linux ubuntu >= 17.10

依赖

• golang > = 1.14

安装

1. 环境依赖

yum update -y && \
yum groupinstall -y 'Development Tools' && \
yum install -y \
    openssl-devel \
    libuuid-devel \
    libseccomp-devel \
    wget \
    squashfs-tools\
    cryptsetup

2. golang 安装

2.1 下载

export VERSION=1.16.5 OS=linux ARCH=amd64 && \
wget https://studygolang.com/dl/golang/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \
tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \
rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz

2.2 配置

echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \
source ~/.bashrc

singularity 安装

Linux 安装

# 3.4 版本
export VERSION=3.4.0 && # adjust this as necessary \
wget https://github.com/hpcng/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz && \
tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \
cd singularity

# 3.8 版本
export VERSION=3.8.0 && export REL=rc.2 && # adjust this as necessary \
wget https://github.com/hpcng/singularity/releases/download/v${VERSION}-${REL}/singularity-${VERSION}-${REL}.tar.gz && \
tar -xzf singularity-${VERSION}-${REL}.tar.gz && \
cd singularity

./mconfig && \
make -C ./builddir && \
make -C ./builddir install

mac 安装

http://repo.sylabs.io/desktop/singularity-desktop-0.0.1alpha.dmg

singularity 常用命令

singularity build  #构建镜像
singularity run    #容器内启动执行脚本
singularity exec   #镜像内执行命令
singularity shell  #执行一个 shell 脚本

# 详细参考
singularity --help

镜像编译

本地镜像编译

#方式 1, 从本地 docker images 编译为 simg
singularity build nginx2.simg docker-daemon://nginx:latest

#方式2，从压缩文件编译为 sif 或者 simg
singularity build nginx.sif docker-archive://nginx.tar.gz

参考

singularity 官网（V3.4）：https://sylabs.io/guides/3.4/user-guide/installation.html

singularity 官网（V3.7）: https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/installation.html

singularity 官网（V3.8）: https://sylabs.io/guides/3.8/user-guide/installation.html