学习小组Day3笔记--软件、环境安装（陈立）

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miniconda 下载、安装

• 查看自己系统版本 uname -a
  
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• 下载 打开官网链接找到适合的miniconda.
  可选 清华镜像

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #官网链接
#or
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #清华镜像

• 安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

出现了路径的配置，可默认、可自定义

tips:路径可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】；

• 激活
  输入source ~/.bashrc来激活conda
• 测试 conda
• 添加channnel
  因为国外源网速不稳定，可添加国内镜像
  清华源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/               
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/                      
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/   
conda config --set show_channel_urls yes                       

USTC:

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --set show_channel_urls yes

• 查看channels: conda config --get channels
• 移除某个channels：conda config --remove channels

软件安装

• 检查已安装软件 conda list
• 安装软件 conda install 软件名称(ex.fastqc)
  1. conda search fastqc #搜索软件
  2. conda insatall fastqc -y # -y为自动安装
  3. conda install fastqc=0.11.7 -y #安装0.11.7版本的fastqc
  4. conda update fastqc # 更新软件
  5. conda remove fastqc # 卸载软件

conda环境安装、卸载

1. conda info --envs # 查看环境
2. conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 建立一个rna-seq的环境，python指定为python3，并安装fastqc和trimmomatic
3. conda activate rna-seq # 激活rna-seq

如何卸载一个环境中的软件
卸载环境中的某个软件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
要卸载环境中的全部软件，需要先退出当前环境再删除，使用 conda deactivate
卸载环境conda remove -n rna-seq --all

conda 卸载

1. 删除miniconda3文件夹 rm -rf ~/miniconda3
   2. 环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存 失败
   3.删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件
   
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ll不是命令，是ls -l的别名
ls 命令可以说是linux下最常用的命令之一。
-a 列出目录下的所有文件，包括以 . 开头的隐含文件。
-b 把文件名中不可输出的字符用反斜杠加字符编号(就象在C语言里一样)的形式列出。
-c 输出文件的 i 节点的修改时间，并以此排序。
-d 将目录象文件一样显示，而不是显示其下的文件。
-e 输出时间的全部信息，而不是输出简略信息。
-f -U 对输出的文件不排序。
-g 无用。
-i 输出文件的 i 节点的索引信息。
-k 以 k 字节的形式表示文件的大小。
-l 列出文件的详细信息。
-m 横向输出文件名，并以“，”作分格符。
-n 用数字的 UID,GID 代替名称。

其他命令

conda info 查询conda信息
conda update conda 升级conda
conda list 查看安装了哪些包。
conda env list 或 conda info -e 查看当前存在哪些虚拟环境
conda create -n py27 python=2.7
conda create -n py35 python=3.5
python --version 检查当前环境python版本
source active py27（py35） 激活虚拟环境
conda install -n py35 [包名] 将包安装到虚拟环境下
deactivate py35 关闭虚拟环境
conda remove -n py27 --all 移除虚拟环境
conda remove --name $py35 $package_name 移除环境中的某个包