Jbrowse 安装及使用说明

写在前面：可视化基因组的工具JBrowse界面还挺不错，生物学数据库中可以加上JBrowse来展示自己的研究成果会更加GDS（gaodashang），小伙伴们不妨一试，此外，官网也有Windows版的安装，也可以本地看序列和注释文件 ，分享给大家linux版云服务器的JBrowse的安装和数据展示。

1.  前置要求

#Ubuntu/Debian

sudo apt-get install build-essential libpng-dev zlib1g-dev libgd2-xpm-dev

#Red Hat/Fedora/CentOS

sudo yumgroupinstall "Development Tools"

sudo yum installlibpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker

#Mac OS X (homebrew)

## 需要在APP

Store 安装xcode 或在命令行输入gcc提示安装

xcode-select--install

brew installlibpng libgd zlib

2.  安装

# make a directory that this user can write to

# for ubuntu/Debian that is /var/www/; for centos is /var/www/html

sudo mkdir /var/www/jbrowse;

sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse;

# cd into it

cd /var/www/jbrowse;

# fetch a JBrowse release zip file

curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.3/JBrowse-1.12.3.zip

# unzip it and cd into it

unzip JBrowse-1.12.3.zip

cd JBrowse-1.12.3

# run setup.sh, quick start with example data

./setup.sh

解决：

rm -rf extlib

bin/cpanm -v--notest -l extlib/ Bio::[email protected]

./setup.sh

此外，使用.pl文件显示：

命令：chmod 777 prepare-refseqs.pl

测试：http://域名:端口/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/yeast

安装

展示自己的数据：当前位置/var/www/jbrowse

1. 首先设置参考基因组，需要将参考基因组文件格式化成JBrowse里所需要的文件，用bin目录下的prepare-refseqs.pl文件处理参考基因组(这里以人类二进制文件为例)

# bin/prepare-refseqs.pl --twobit /JiangLab/hg38.2bit

执行完上述命令我们会发现Jbrowse目录下多了个data文件，打开如下：测试网址www.域名:端口/jbrowse?data=data，显示即成功

2. 然后加注释文件的tracks，命令如下：

# bin/flatfile-to-json.pl --bed /路径/human_ncRNA.bed --trackLabel ncRNA --className feature2即可

bin/flatfile-to-json.pl --bed /路径/human_peptide.bed --trackLabel peptide --className feature3

3. 在基因组浏览器上选择物种，我们需要更改conf文件：jbrowse.conf和每个物种下的track.conf

JBrowse.Conf中：

[datasets.human]

url  = ?data=Homosapiens(human)&loc=chr10%3A59686603..59787319&tracks=DNA%2CncRNA%2Cpeptide

name = Homo sapiens

[datasets.musculus]

url  = ?data=Musmusculus&loc=chr19%3A10997612..11100566&tracks=DNA%2CncRNA%2Cpeptide

name = Mus musculus

[datasets.Drosophila]

url  = ?data=Drosophilamelanogaster&loc=chr2L%3A16787971..16891884&tracks=DNA%2CncRNA%2Cpeptide

name = Drosophila melanogaster

每个物种下的track.conf中：

[general]

dataset_id = Drosophila <对应的物种名称>

最终显示如下：

添加bw/wig文件的tracks 

bin/add-bw-track.pl --label conservation --bw_url /bwFiles/musPeptideConservation.bw --pos_color "red" --neg_color "blue" --plot 1

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