day3-linux环境下的软件安装

（以conda为例）

conda介绍

conda是最方便快捷的软件下载器，相当于App Store，90%以上的软件都可以在上面搜到，安装。日常生信使用Miniconda就可以了。

如何将miniconda下载到服务器上

谷歌（百度）搜索"miniconda清华（清华的conda镜像网站）"

屏幕截图 2022-01-20 002016.png

=》查看服务器的位数：
输入命令nuame -a
=》安装最新版本（latest）

屏幕截图 2022-01-20 002147.png

=》右键-复制下载链接

屏幕截图 2022-01-20 002455.png

登录服务器
cd ~/biosoft
wget + 链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh是脚本（就是一个程序的代码）文件的后缀，即使一个下载的脚本

屏幕截图 2022-01-20 003025.png

怎么安装miniconda

（如果进行下去，失败了，需要从这里重来）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后就开始了安装过程，中间按回车跳过版权信息

当看见一行“Do you accept the license terms?[yes|no]”说明安装要开始了【程序让你enter就enter,让你yes就yes】

安装成功

屏幕截图 2022-01-20 004010.png

激活miniconda

source ~/.bashrc 激活conda
命令行输入conda，出现满屏信息说明成功了
如果报错，说明source ~/.bashrc 命令执行出现问题

屏幕截图 2022-01-20 004344.png

添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件的速度就会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

#使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1.查看当前服务器上安装的所有软件功能列表
conda list

屏幕截图 2022-01-20 005257.png

2.安装软件conda install fastqc -y
【-y 是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】

默认安装最新版本，但是有的软件最新版本bug比较多，可能需要用到老版本。如果要指定版本，可以 conda install fastqc=0.11.7 -y

3.确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help，如果出现一大片文字（软件的帮助文档），则安装成功（只有安装成功的软件才能看见它的帮助文档）

4.卸载软件

conda remove fastqc -y

conda环境

·查看当前conda环境
conda info --envs

屏幕截图 2022-01-20 010415.png

案例：创建一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定Python版本是3
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

屏幕截图 2022-01-20 010918.png

创建完成后，再次查看conda环境，conda info --envs

屏幕截图 2022-01-20 011056.png

激活新的conda环境
conda activate rna-seq，默认*转移到rna-seq

屏幕截图 2022-01-20 011301.png

输入 fastqc，出现帮助文档，则安装成功
提出当前环境，运行conda deactivate

生信学习小组Day3笔记 JY