R语言【taxlist】——df2taxlist()：将数据帧和字符串转换为 taxlist 对象

Package taxlist version 0.2.4

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Descriptioin

将数据框转换为 taxlist 对象。此外，包含分类名称的字符向量将被转换，但不会返回任何关于分类等级和亲本分类群的信息。

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Usage

df2taxlist(x, ...)

## S3 method for class 'data.frame'
df2taxlist(x, taxonTraits, taxonViews, levels, clean_strings = TRUE, ...)

## S3 method for class 'character'
df2taxlist(x, ...)

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Arguments

参数【x】：一个具有分类学名称的数据框或字符向量。

• 如果 x 是一个数据框：
  • 列 TaxonUsageID（带有每个名称的id的整数）、
  • 列 TaxonConceptID（带有每个分类单元概念的id的整数）和
  • 列 TaxonName（字符串）是必须有的。
• 其他可选择提供的列有
  • AuthorName（具有名称命名的字符串）、
  • AcceptedName（逻辑值，指示该名称是接受名还是异名，默认情况下将设置为TRUE）、
  • Level（按自下向上对分类排序的因子）、
  • Parent（整数，父分类单元的分类单元概念ID）和
  • ViewID（整数，指向分类视图的ID，通常是一个数目参考，只有在提供了 taxonViews 时才会使用）。
  • taxlist 的原型中未包含的任何其他列将被视为 names 的属性并插入到 taxonNames slot中。

参数【...】：方法之间传递的进一步参数。对于'character-method'，参数将被传递给'data.frame-method'。

参数【taxonTraits】：具有分类概念属性的数据框（可选项）。如果提供了的话，列 TaxonConceptID 是必须提供的。

参数【taxonViews】：带有分类视图引用的数据框或 lib_df（可选项）。如果提供了的话，列 ViewID 是必须提供的，并且必须与 x 里的同名列匹配。

参数【levels】：设置从下向上的等级或分类等级的字符向量。此参数是可选的，如果未提供，列 Level 将被保留（如 factor）或强制转换为因子，除非没有提供列 Level。

参数【clean_strings】：逻辑值，clean_strings() 方法是否应用到 x。

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Value

返回一个 taxlist 对象。

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Examples

Cyperus <- read.csv(file = file.path(path.package("taxlist"), "cyperus",
  "names.csv"))
head(Cyperus)

  TaxonUsageID LETTERCODE           SHORTNAME           TaxonName NATIVENAME
1          192    CYPEAUR Cyperus auriculatus Cyperus auriculatus         NA
2          193    CYPECOR  Cyperus corymbosus  Cyperus corymbosus         NA
3          194    CYPEDIF   Cyperus difformis   Cyperus difformis         NA
4          195    CYPEDIG   Cyperus digitatus   Cyperus digitatus         NA
5          196    CYPEDIS     Cyperus distans     Cyperus distans         NA
6          197    CYPEDIV       Cyperus dives       Cyperus dives         NA
                    AuthorName SYNONYM TaxonConceptID
1 (Nees & Meyen ex Kunth) Kük.   FALSE            192
2                       Rottb.   FALSE            193
3                           L.   FALSE            194
4                        Roxb.   FALSE            195
5                        L. f.   FALSE            196
6                       Delile   FALSE            197

设置一列指示是否为接受名：

Cyperus$AcceptedName <- !Cyperus$SYNONYM

直接转换即可：

df2taxlist(Cyperus)

object size: 32.1 Kb 
validation of 'taxlist' object: TRUE 

number of taxon usage names: 95 
number of taxon concepts: 42 
trait entries: 0 
number of trait variables: 0 
taxon views: 0 

或者，直接使用字符串：

Plants <- df2taxlist(c("Triticum aestivum", "Zea mays"), AuthorName = "L.")
summary(Plants, "all")

------------------------------ 
concept ID: 1 
view ID: none 
level: none 
parent: none 

# accepted name: 
1 Triticum aestivum NA 
------------------------------ 
concept ID: 2 
view ID: none 
level: none 
parent: none 

# accepted name: 
2 Zea mays NA 
------------------------------