序列比对之blast在线和本地使用

序列比对（Sequence Alignment）

比较两个或两个以上序列的相似性

blast（Basic Local Alignment Search Tool）

是一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件。用于做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许多看似高大上的基因分析，都可归类于序列间的比较。

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在线blast

Nucleotide BLAST
核酸序列到核酸库中的一种查询，库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一的核酸序列比对。
Protein BLAST
蛋白序列到蛋白库中的一种查询，库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
BLASTX
核酸序列到蛋白库中的一种查询，先将核酸序列翻译成蛋白序列，再对翻译成的每一条序列作一对一的蛋白序列比对。
TBLASTN
蛋白序列到核酸库的一种查询，与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白质序列，再对所查序列作蛋白与蛋白的比对。

点击“Nucleotide BLAST”后就到了blastn的初始界面，输入序列

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点击“BLAST”即可进行比对

Expect(E值)和Identities（一致性）

是评价blast结果的标准。E值接近零或者为零时，说明比上的序列很接近；一致性：匹配上的碱基数占总序列长的百分数

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如果没有比对上，可以选择 Somewhat similar sequences (blastn) 进行再次比对

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比较序列A和序列B之间的相似性

可以在blastn的初始界面点击“Align two or more sequences ”，就可以分别放入序列进行比对了。

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