scanpy

Scanpy源码浅析之pp.normalize_total

版本导入Scanpy,其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。importscanpyasscsc.
何物昂·2024-09-16 00:52

seurat结果转为scanpy可处理对象

作者：ahworld链接：seurat结果转为scanpy可处理对象来源：微信公众号seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan·2024-02-28 10:22

h5文件的读取（h5py、scanpy）

1.h5文件简介HDF：hierarchicaldataformat层次数据格式-h5文件中有两个核心概念：group和datasets--group包含了其它groups和datasets，像字典一样工作（类似目录）--dataset即numpy.ndarray，像numpy数组一样工作（类似文件）2.使用python处理h5（h5py）importh5pywithh5py.File('file
拜托啦！狮子·2024-02-13 18:01

分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定

gzh：BBio，欢迎关注scanpy软件由TheisLab实验室开发，和Seurat相同都是常用的单细胞数据分析工具。
BBio·2024-02-12 20:44

scanpy官方教程2022||05-空间转录组数据分析

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en
信你个鬼·2024-02-10 02:55

单细胞分析——深入理解 AnnData 数据结构

Python高效开发环境：Pycharm+Anaconda二、安装scanpypipinstallscanpy三、AnnData1、AnnData介绍与结构AnnData是用于存储数据的对象，一般作为scanpy
春娃赛如花·2024-02-07 05:15

scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs

推荐先按顺序阅读往期内容：文献篇：1.文献阅读：SCANPY：大规模单细胞基因表达数据分析2.文献阅读：scverse项目为单细胞组学数据分析提供了计算生态系统目录1预处理2主成分分析3计算邻域图4嵌入邻域图
Tiger Z·2024-02-07 03:02

【单细胞】Python单细胞分析数据结构AnnData

1AnnData数据结构参考文献[1][2]Python单细胞分析数据结构——AnnData[3]scanpy单细胞分析包图文详解01|深入理解AnnData数据结构[4]Scanpy(一)AnnData
一穷二白到年薪百万·2024-02-07 03:32

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2024-02-07 03:31

python小白入门单细胞分析scanpy

大家好，今天我们分享scanpy的标准流程基本概念介绍Scanpy和Seurat基本上完全一样，Scanpy构建的对象叫做AnnData对象，他的数据存储是以4个模块存储（如下图）如果你不理解scanpy
生信小博士·2024-02-07 03:01

最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs

最全的Scanpy教程笔记代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。
Pandora qiu·2024-02-07 03:01

【Single Cell Genomics】Part2 Deep representation learning (form theislab)

文章目录7Deeprepresentationlearninginsinglecellgenomics7.1scanpy7.2DCA7.3scGen:predictingsingle-cellperturbationeffects7.4Humancellatlas
丸丸丸子w·2024-01-25 20:25

scanpy预处理总结

欢迎关注我们组的微信公众号，更多好文章在等你呦！微信公众号名：碳硅数据公众号二维码：记录一下关于scanpypreprocessing的结果importscanpyasscadata=sc.read("/Users/yxk/Desktop/test_dataset/pbmc/pbmc.h5ad")print(adata)可以看到这个原始数据是稀疏矩阵形式的，如果经过预处理sc.pp.normali
我的心永远是冰冰哒·2024-01-24 07:26

sc.pl.umap 画feature plot

今天有时间尝试测试了这个scanpy的featureplot,其实很简单，就是使用sc.pl.umap(adata,color="genename"),但是这个地方就有一个问题，这个画出来的值是原始的基因值还是
我的心永远是冰冰哒·2024-01-19 06:27

scanpy官方教程2022||02-细胞发育/分化轨迹推断

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en
_十三·2024-01-18 16:59

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球，同时也让人患上了选择困难症。到底谁优谁劣？
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

安装指定版本pip install scanpy==1.6.0

(scanpy)root07:44:42~/project$pipinstallscanpy==1.6.0Collectingscanpy==1.6.0Downloadingscanpy-1.6.0-py3
Seurat_·2023-12-14 23:39

scanpy 读取mtx文件

importscanpyasscadata=sc.read("./GSE144136_GeneBarcodeMatrix_Annotated.mtx")##
我的心永远是冰冰哒·2023-12-04 15:52

scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en
_十三·2023-12-04 07:09

V100 配置 Scanpy + Scvi + Pytorch

V100配置Scanpy+Scvi+Pytorch创建虚拟环境安装基础包安装Scanpy安装Scvi安装GPU版本Pytorch创建虚拟环境condacreate-nnamepython=3.8condaactivatename
平平无奇科研小天才·2023-11-17 06:25

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2023-11-08 08:55

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：空间转录组数据分析

我们知道没有一个细胞是孤立的，而细胞之间的交流又不能打电话，所以相对位置对细胞的分化发育起着极其重要的作用。在生命的早期，单个细胞的命运是由其位置决定的。长期以来，由于技术的限制我们很难高通量地同时获得组织中的位置信息极其状态。2019年以来，这种情况借助高通量技术得到了商业化地解决。正如我们之前介绍过的：10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura
周运来就是我·2023-11-05 00:22

scanpy赋值问题

今天发现一个很奇怪的bugimportnumpyasnpimportpandasaspdimportanndataasadfromscipy.sparseimportcsr_matrixprint(ad.__version__)counts=csr_matrix(np.random.poisson(1,size=(100,2000)),dtype=np.float32)adata1=ad.AnnD
我的心永远是冰冰哒·2023-11-03 11:00

单细胞基础分析之多样本整合篇

而分析的目的，是要寻找真正的生物学差异，避免因为批次引发的错误判断，为了解决批次问题，目前已经有了很多的分析手段，其中有scanpy整合分析用到的bbknn，也有liger[1]整合分析用到的iNMF，
单细胞空间交响乐·2023-11-03 02:07

scanpy存储h5ad报错

总是被基础的问题折磨得非常难受，在使用常规命令adata.write('data.h5ad')时出现报错："*/lib/python3.9/site-packages/anndata/_io/utils.py",line109,incheck_keyraiseTypeError(f"{key}oftype{typ}isaninvalidkey.Shouldbestr.")TypeError:0of
纷纷不可诉·2023-11-02 16:35

代码解读- scanpy.pp.normalize_total

作者：童蒙编辑：angelicascanpy代码解读来啦~单细胞分析第一步是对数据进行标准化，标准化的方法有很多，下面给大家解读一下scanpy的一个：函数为：scanpy.pp.normalize_total
生信阿拉丁·2023-10-25 17:00

使用scanpy进行高可变基因的筛选

作者：童蒙编辑：angelica代码解读scanpy又来啦，不要错过～～今天我们讲的是：高可变基因的筛选。
生信阿拉丁·2023-10-22 16:05

BBKNN：python单细胞样本整合和批次效应处理算法

2020.09.09本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。
切瓜少年·2023-10-21 01:02

scanpy文件读取h5ad的一个BUG

BUG当正常使用anndata或者scanpy读入数据的时候，如下data=anndata.read('data.h5ad')#ordata=sc.read_h5ad('data.h5ad')常规操作，
纷纷不可诉·2023-10-20 10:00

scanpy官方教程2022||04-数据整合：ingest and BBKNN

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en
_十三·2023-10-16 22:30

R函数实现单细胞StackedVlnPlot

我们在《seurat结果转scanpy画Sta
seqyuan·2023-10-09 02:59

python scanpy spatial空转全流程

Spatialmappingofcelltypesacrossthemousebrain(1/3)-estimatingreferenceexpressionsignaturesofcelltypes—cell2locationdocumentationSpatialmappingofcelltypesacrossthemousebrain(2/3)-cell2location—cell2loca
Young.Dr·2023-10-08 07:27

用VSCode Jupyter 学习Scanpy ——环境准备

我用的python编译工具为vscode，不会用留言，教大家用，哈哈学习Scanpy,先给它配个虚拟环境吧vitrualenvsc_learnp创建虚拟环境启动虚拟环境在虚拟环境下安装所需要的python
米妮爱分享·2023-10-07 16:28

10X单细胞（10X空间转录组）scanpy做多样本整合的智慧（bbknn）

hello，大家好，今天我们来回顾一下，不讲新的东西，回顾一下scanpy做10X单细胞（10X空间转录组）多样本整合的方法，这个方法跟Seurat差别比较大，目前引用scanpy做多样本整合的文献还比较少
单细胞空间交响乐·2023-10-06 20:54

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

Seurat使用单细胞数据综合集成中介绍的数据整合方法，而Scran和Scanpy使用相互最近邻方法（MNN）。以下是用于多样本数据集整合的常用方法：MarkdownLanguageLibraryR
Davey1220·2023-10-05 07:51

scanpy 空转数据结构seurattoscanpy spatial

Analysisandvisualizationofspatialtranscriptomicsdata—Scanpydocumentation(scanpy-tutorials.readthedocs.io
Young.Dr·2023-10-05 01:16

seurat to h5ad scanpy anndata对象转换20231004seurattoscanpyseuratscanpy

#在R中把数据导出成scanpy可以读取的格式geneinfocellinfocounts###geneinfo=All.merge@[email protected]#write.csv
Young.Dr·2023-10-04 17:44

python barplot 比例bili scanpy

AdvancedSingle-cellOmics(nbisweden.github.io)tmp=pd.crosstab(adata.obs['clusters'],adata.obs['library_id'],normalize='index')tmp.plot.bar(stacked=True).legend(loc='upperright')
Young.Dr·2023-10-04 17:42

第一次用scanpy分析单细胞数据

InMay2017,thisstartedoutasademonstrationthatScanpywouldallowtoreproducemostofSeurat’sguidedclusteringtutorial(Satijaetal.,2015).WegratefullyacknowledgeSeurat’sauthorsforthetutorial!Inthemeanwhile,weha
Seurat_Satija·2023-10-02 16:17

GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型单细胞数据分析利器

作者：ahworld链接：GPU版scanpy(rapids)实践|大型单细胞数据分析利器来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan·2023-09-30 10:49

singularity docker 拉取镜像 seurat和scapy spatial空转数据转换 cell2location

github.com)moduleavailablemoduleloadsingularitysingularitypulldocker://jiekailab/scdior-image:Seuratv4_Scanpy1.8exportPATH
Young.Dr·2023-09-22 02:54

实用ssh命令|端口转发访问远程集群jupyter服务

作者：ahworld链接：seurat结果转为scanpy可处理对象来源：微信公众号seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan·2023-09-21 21:07

ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy'

ModuleNotFoundError：Nomodulenamedxxx罪魁祸首竟是虚拟环境_qunqunsung的博客-CSDN博客image.png在ide中执行python程序，都已经在默认的项目路径中，所以直接执行是没有问题的。但是在cmd中执行程序，所在路径是python的搜索路径，如果涉及到import引用就会报类似ImportError:Nomodulenamedxxx这样的错误，解
Seurat_·2023-09-21 03:59

scanpy用于单细胞的降维聚类分析

hi，大家好，好久不见，这次跟大家分享一个单细胞降维聚类的新的分析方法scanpy，目前大部多数文章用的单细胞分析均用的Seurat分析包，目前已经更新到了3.0版本，在原有的基础上进行了优化，最大的变化就是在
单细胞空间交响乐·2023-09-18 02:25

scanpy官方教程2022||06-scRNA-Seq与空间转录组整合分析：scanorama

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en
_十三·2023-09-17 16:11

错误t-SNE: Sklearn AttributeError: ‘NoneType‘ object has no attribute ‘split‘

今天scanpy进行画图时发生‘NoneType’objecthasnoattribute‘split’解决机构pipinstallthreadpoolctl==3.1.0并不需要pipuninstallthreadpoolctl
我的心永远是冰冰哒·2023-09-04 23:56

AnnData对象处理

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。
myshu·2023-08-19 14:16

scanpy数据整合批次效应去除原理

引用：葬花朴1.scanpy.external.pp.mnn_correct**第一步：将表达量按细胞进行归一化，计算细胞之间归一化后的Euclidean距离。
云养江停·2023-08-06 17:14

读取abaqus mtx文件，内含单元刚度阵（应该是稀疏存储）的技术路径

2.scanpy总是给我报错ValueError:notenoughvaluestounpack(expected5,got1)3.scipyimportscipyasscpmtx=scp.io.mmread
构建的乐趣·2023-07-29 18:20

sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()

scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total()，它官方也是建议用后者（当然前面这个函数仍然存在，且可以正常使用）。
纷纷不可诉·2023-07-14 14:34
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