Dr家硕的科研之路
Dr家硕的科研之路

vcf文件转换为maf格式

假设已经安装了VEP软件，对自己的vcf进行了注释，然后就可以进行转换：

https://github.com/mskcc/vcf2maf

安装GitHub上面的小工具

cd~/biosoft/vcf2maf/

exportVCF2MAF_URL=`curl -sL https://api.github.com/repos/mskcc/vcf2maf/releases | grep -m1 tarball_url | cut -d\" -f4`curl-L-omskcc-vcf2maf.tar.gz$VCF2MAF_URL; tar-zxfmskcc-vcf2maf.tar.gz;cdmskcc-vcf2maf-*

mv* ../ perl ~/biosoft/vcf2maf/vcf2maf.pl--man

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