群体分布——如何用R语言绘制群体地理分布

Nathan写于2020.08.15
群体的地理分布，是做文章经常放的第一张图，其表明你的群体材料在地理上分布的情况（感觉是一句废话）

01 input

首先输入数据是样品分组，以及每个样品对应的经纬度。实例数据如下：

随便编的数据

有了这个数据就直接用下面的R代码进行画图就可以了。

library(ggplot2)
library(sp)
library(maps)
library(maptools)
library(ggmap)
mydata <- read.table('exl.txt',header = T)

mp <- NULL
#设置mp
mapworld <- borders("world",colour = "white",fill ="white")
#搞一个空地图
mp<-ggplot()+mapworld+ylim(-60,90)
#设置经度的范围，去掉了南北极
mp2<-mp+geom_point(aes(x=mydata$lat,y=mydata$long,color=mydata$number),size=5)+scale_size(range=c(1,1))
#将品种分布以散点的方式绘制
#size:点的大小
#scale_size:对图层尺寸进行设置
mp3<-mp2+theme(legend.position = "none")+theme_bw()+
 theme(panel.grid=element_blank(),panel.border=element_blank(),axis.line=element_line(size=1,colour="black"))+
  theme(panel.background = element_rect(fill = '#87CEFA'))
#去掉网格和设置背景色
#theme)_bw()去掉背景色
#theme(panel.background = element_rect(fill = '#87CEFA'))：改变背景色
mp3

随手一画