非模式生物做KEGG

非模式生物：

最近实验室师姐在搞非模式生物的KEGG注释，我们做习惯了模式生物的KEGG，一般最先想到的方法是Y叔的clusterProfilers

利用：

hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("species")

下载相应的物种的基因组kegg库

其次再是用R 里面的R包AnnotationHub去寻找相关物种的库。

一些想法：

最近看到有些同志利用小众物种做KEGG富集，参考了这位大神写的帖子：https://www.jianshu.com/p/8ee9a71d056e?utm_campaign=haruki&utm_content=note&utm_medium=reader_share&utm_source=qq

觉得很有启发，基本上的思路是先使用KEGG注释网站KAAS将自己的序列比对到KEGG库中，扽到基因与功能蛋白的关系（有点类似于blast to GO，自己理解的）。

具体过程可以参考上面的链接实行操作，我在这里随便挑选了几个序列做个测试：

提交完你会收到一封邮件：

正在计算

并打开相应网址，点击resulit里面的HTML，就可以得到结果了，最后把得到的ko号放入这个网址：https://www.genome.jp/kegg/ko.html  ，然后点击Map pathway即可得到功能蛋白K与pathway对应的ko号

蛋白K与pathway对应关系

第二步则是要将已有的gene和蛋白K的对应关系merge到蛋白K和pathway的对应关系中，得到gene与pathway之间的关系

蛋白K与gene对应关系

gene与pathway的对应关系

finally，用Y叔的clusterProfilers进行富集即可。