conda的基本操作

1. 建立以及激活环境：

conda create -n vep

conda activate vep

如果需要安装特定的python版本，示例：conda create --name st python=3.8

2. 退出环境：conda deactivate

3. 删除特定环境：conda env remove --name

4. conda一些初始设置：

conda config --add channels defaults

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

conda config --set channel_priority strict (or flexible)

5. 列出当前环境列表：conda env list

6. 列出当前环境下安装包列表，进入环境后执行：conda list

lumpy需要用conda安装。步骤：

conda create -n lumpy

conda activate lumpy

conda install python=2.7

conda install -c bioconda lumpy-sv

其他生物学软件安装：

FLASH：conda install -c bioconda flash