核酸数据库
[NCBI][https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]
[EMBL][https://www.ebi.ac.uk/ena]
[DDBJ][https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html]
[CNGB][https://db.cngb.org/]
蛋白序列数据库
[Pfam][http://pfam.xfam.org/] Pfam是蛋白质家族的数据库，包括使用隐马尔可夫模型生成的注释和多序列比对。
[SwissProt][http://us.expasy.org/sprot/] 手动注释的非冗余蛋白序列数据库
[UniProt][https://www.uniprot.org/]
[InterPro][http://www.ebi.ac.uk/interpro/] 通过整合多个蛋白相关数据库，提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台，包括对蛋白质家族、结构域、功能位点的预测
蛋白质结构数据库
[PDB][http://www.rcsb.org/]
[SCOP][http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/]
[CATH][http://www.cathdb.info/]
蛋白组数据库
[PRIDE][https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/]
蛋白质功能域数据库
[PROSITE[[https://prosite.expasy.org/]
[Pfam][http://pfam.xfam.org/]
[CCD][http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtm]
[SMART][http://smart.embl-heidelberg.de/]
[TIGRFAM][http://www.tigr.org/TIGRFAMs/]
蛋白互作数据库
[STRING][https://string-db.org/]
基因注释
[Blast][https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
[Interproscan][http://www.ebi.ac.uk/interpro/]
[WEGO][http://wego.genomics.org.cn/]
[KAAS][https://www.genome.jp/tools/kaas/]
基因功能预测
[FGENESH][http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind]
[AUGUSTUS][http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php]
[GENESCAN][http://argonaute.mit.edu/GENSCAN.html]
[GeneMark][http://topaz.gatech.edu/GeneMark/]
[Glimmer][http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml]
启动自子分析
[Plantcare][http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/]
亚细胞定位
[PSORT Prediction][http://psort1.hgc.jp/form.html]
基因结构绘制
[GSDS][http://gsds.cbi.pku.edu.cn/] Gene Structure Display Server基于基因组注释文件绘制序列基因结构等功能
蛋白二级三级结构预测及绘图
[CFSSP][http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/]
[SOPMA][https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html]
[PredictProtein][https://www.predictprotein.org/]
[SWISS-MODEL][https://swissmodel.expasy.org/interactive]
蛋白特性分析
[rotParam][http://web.expasy.org/protparam/] 蛋白特性分析是指蛋白的一些物理和化学参数，如分子量、等电点、氨基酸和原子组成、消光系数、半衰期、不稳定系数、脂肪族氨基酸指数、亲水性。这些参数，有助于进行蛋白的相关生化实验。比如在体外体系（大肠杆菌、酵母等）表达和纯化目的蛋白时，需要考虑蛋白的分子量、等电点、消光系数、不稳定系数和亲水性等。在酶活实验中，也需要根据这些参数优化实验体系。
蛋白亲疏水性分析
[Protscale][https://web.expasy.org/protscale/] 蛋白氨基酸的亲疏水性主要由其侧链基团R，如果R只是H或是C、H两元素组成的话，都是疏水的，如果含有极性侧链基团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是极性的（亲水的）。疏水性氨基酸有酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸和蛋氨酸（甲硫氨酸）。疏水性氨基酸在蛋白质内部，在保持蛋白质的三级结构上，酶和基质、抗体和抗原间的相互作用等各种非共价键的分子结合方面，具有重要作用。
跨膜结构分析
[TMHMM][http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/] 蛋白的跨膜结构分析对于预测蛋白的亚细胞定位密切相关。如果具有跨膜结构，蛋白很可能定位于细胞中与膜相关的结构，如细胞质膜、叶绿体膜或线粒体膜等内膜系统。此外，蛋白跨膜结构分析对于蛋白功能分析也有一定的帮助。比如某蛋白没有跨膜结构，但是亚细胞定位实验显示其可定位于膜相关结构，这说明该蛋白可能通过其他膜定位蛋白招募过去的。
信号肽预测
[SignalP][http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/] 峰信号位置为信号肽切割点，峰之前的序列为信号肽，信号肽是指引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，常位于蛋白的N-末端，负责把蛋白质引导到不同膜结构的亚细胞器内。编码分泌蛋白的mRNA在翻译时首先合成N末端的信号肽，它被信号肽识别蛋白(SRP)所识别，SRP将核糖体携带至内质网上，内质网膜上的 SPR 受体识别并与之结合。新合成蛋白在信号肽引导下到达内质网内腔，而信号肽则在信号肽酶的作用下被切除。由于它的引导，新生的多肽就能够通过内质网膜进入腔内，最终被分泌到胞外。在宿主菌中表达外源蛋白时，可用信号肽引导外源蛋白定位分泌到胞外，提高蛋白可溶性，在原核表达系统（大肠杆菌、芽孢杆菌等）和真核表达系统（如毕赤酵母）中均有应用
磷酸化位点分析
[NetPhos][http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/]
[KinasePhos-2.0][http://kinasephos2.mbc.nctu.edu.tw/] 蛋白质磷酸化指由蛋白质激酶催化的把 ATP 的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸）上的过程，或者在信号作用下结合 GTP（通常以 GTP 取代 GDP），是生物体内一种普通的调节方式，在细胞信号转导的过程中起重要作用。在信号达到时通过获得一个或几个磷酸集团而被激活，而在信号减弱时能去除这些集团，从而失去活性。有时某个信号蛋白磷酸化通常造成下游的蛋白依次发生磷酸化，形成磷酸化级联反应。
富集分析
[网页GO富集][https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost]
系统进化
[分化时间查询][http://timetree.org/]