bamtofastq 将bam文件转成fastq文件

目标

通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq

bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程：https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13

1、软件的使用和说明

bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i  -fq 

软件说明

2、实例

这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序，其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。

#sort
samtools sort -n input.bam -o input.name.bam
#convert
bedtools bamtofastq -i input.name.bam \
-fq out.R1.fq \
-fq2 out.R2.fq
#gzip fq
gzip out.R1.fq
gzip out.R2.fq

参考文献

1. https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/bamtofastq.html