#分子模拟#Pymol编译安装

Pymol可能不做分子模拟的同学也会比较熟悉，这个可视化界面可谓脍炙人口，虽然我们可以简单的使用sudo apt-get install pymol进行安装，但是这样做的坏处就是ipython,juyter notebook不能很好的使用import pymol这个牛逼的操作。
而编译安装Pymol可以解决这个问题，所以和大家分享一下编译安装Pymol的方法.

首先安装所有依赖：

sudo apt-get install subversion build-essential python-dev python-pmw libglew-dev \
  freeglut3-dev libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev

通过SVN获得最新版本（！sourceforge中的最新版本编译过不了，亲测）

cd /tmp
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
cd pymol

编译安装

#!/bin/bash -e

#其中prefix后面修改你需要安装的目录，我自己的为/home/kangsgo/install/newpymol/
prefix=/opt/pymol-svn
modules=$prefix/modules

# If you want to install as root, then split this line up in "build"
# and "install" and run the "install" with "sudo"
python2.7 setup.py build install \
    --home=$prefix \
    --install-lib=$modules \
    --install-scripts=$prefix

1.然后可以设置软链接使用

sudo ln -s /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol

2.当然也可以复制

sudo cp /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol

3.设置环境变量

echo 'alias pymol="/opt/pymol-svn/pymol"'  > ~/.bashrc

非常方便简单。

如果显示“ImportError: No module named Pmw”，仅需要在安装中加一条--bundled-pmw即可

参考资料：
官方教程：https://pymolwiki.org/index.php/Linux_Install
How to compile and install Pymol (windows & linux & MAC!) ：http://tubiana.me/how-to-install-and-compile-pymol-windows-linux-mac/

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