如何快速查看bam文件染色体排序

bam文件的排序方式针对不同的应用场景，如果不能了解它将会极大影响计算的效率，本文简单介绍如何快速查看bam文件的染色体排序方式。

首先我们可以查看文件的元信息，使用下面命令：

samtools view -H sample.bam | grep SO

命令结果会输出类似下面的信息：

@HD VN:1.3 SO:coordinate

（实际上还有额外一些信息，注意输出的头几行）

这里标注了该bam文件是已经按照染色体坐标系统排好序了的。

如果想要快速查看文件里的排序，使用下面命令：

samtools view -H sample.bam | grep SQ | cut -f 2 | awk '{ sub(/^SN:/, ""); print;}'

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查看fasta文件染色体顺序：

grep ">" reference.fa

查看vcf文件染色体排序：

grep -v "^#" snps.vcf | cut -f 1 | uniq

资料来源：https://www.biostars.org/p/84964/#84970