《学习小组Day3笔记--大大不留跟》

熟悉使用linux应用商店miniconda

1.谷歌搜索miniconda清华进入镜像站主页

2.键入uname -a以查看服务器位数

3.找到最新版本的miniconda，右键选择复制下载链接

4.cd biosoftware/进入之前建立的目录

5.下载软件wget+上一步复制的下载链接

download miniconda

6.安装minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,pressenter以跳过安装过程提示的版权信息，直到最后安装成功

安装成功界面

7.激活软件presssource ~/.bashrc来激活conda

激活成功

8.添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

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conda的应用练习

• conda list : 查看所有软件列表
• conda search : +软件名，搜索相应软件
  
  以搜索tk为例
• conda install : 安装软件，格式为conda install xx -y，其中-y表示自动安装(默认安装为最新版本)
  conda install software name=version number -可以对指定版本号的软件进行安装
• conda remove : 卸载软件，格式为conda remove software name -y例如下载安装的tk软件，则输入conda remove tk -y
• conda info --envs : 查看当前conda有哪些环境（环境的作用为--提供不同软件或者同一软件的不同版本，在不同的环境下同时工作）
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y : 创建一个名称为rna-seq的conda environment ，指定python版本为3，一并安装fastqc, trimmomatic软件,随后查看环境变化conda info --envs
  
  environment
• conda activate rna-seq(接上一条)实例激活上一步新建的conda环境rna-sep
  
  change environment

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内容来源--微信公众号生信星球