HLA--基础

主要组织相容性复合体( major histocompatibility complex，MHC)

是一组编码动物主要组织相容性抗原的基因群的统称。人类的MHC位于人的6号染色体短臂上，小鼠的MHC位于小鼠的17号染色体上。MHC的长度大约为4×10^6bp。人类的MHC也叫做HLA(human leukocyte antigen,HLA)复合体。小鼠的MHC则被称为H-2基因。由于MHC的多基因特性，依据其编码分子的结构、组织分布与功能差异，可分为MHC I类、MHC II类、MHC III类基因，分别编码MHC I类分子、MHC II类分子、MHC III类分子。人类的MHC产物通常被称为HLA (human leukocyte antigen，HLA)， 即人类白细胞抗原。MHC的两个重要特性是其多基因性与高度多态性，由此造成每一种属的每一个体都有其特有的一套MHC分子。

人类白细胞抗原（human leukocyte antigen, HLA）

是由HLA基因复合体所编码的产物，位于第六号染色体的短臂6P21.31区，长3600KB。HLA系人类组织相容性复合体（MHC）的表达产物，是构成移植排斥反应的重要抗原物质。HLA的研究最初是在器官移植研究推动下开展起来的，故此，HLA又称移植抗原。
根据基因产物的结构，功能，细胞分布等因素，将HLA基因分成了3大类：HLA-I型基因，包括了HLA-A, HLA-B，HLA-C等经典的抗原基因，还有一些假基因；HLA-II 型基因，其编码产物都是双链蛋白质，包括DR, DP, DQ等基因，HLA-III型基因，包含了C2,C4,BF等补体基因，还包括其他一些基因

等位基因名称

一个典型的HLA等位基因名称

HLA是固定前缀，A代表基因名称，前缀和基因名称之间用短横线连接；*星号作为分隔符，分隔符之后是同一个基因的不同allel，由冒号分隔的多个部分构成，最多包含4个部分，第一组02代表不同的血清学类型，根据血清学鉴定的结果对不同抗原进行分类；第二组101代表一种特定类型的蛋白；第三组的01代表发生在编码区的同义突变；第四组的02代表发生在非编码区的基因突变；N为后缀，代表了蛋白的表达水平

不同后缀的含义不同

N表示该等位基因不表达
L代表low, 表示这种allel的表达水平相比正常水平要低
S表示蛋白产物不是位于细胞表面，而是一种可溶性的分泌蛋白
C表示蛋白产物不是位于细胞表面，而是位于细胞质中
A表示不确定这个allel的蛋白产物是否存在
Q表示这个allel会对其他等位基因的表达造成影响

临床意义

1.器官移植

HLA检测最重要是对脏器或骨髓移植的作用，为移植选择相配对的供、受者。在肾移植中，供受双方共有的DR抗原越多，或已检查出的DR错配抗原数越少，移植存活率就越高

2.输血

选择HLA匹配的单一供者血小板，用于对混合血小板悬液输注无效的血小板减少症患者。

3.疾病的诊断

筛选疾病相关的遗传因素。HLA与免疫病理学的相关性也日益密切。与某些疾病相关的T细胞表面抗原鉴定，通过HLA/HLA配体相互作用的免疫效应细胞之间的通讯等，都延伸了HLA在生物学领域的应用如NK细胞、T细胞、感染、自身免疫、移植物抗肿瘤等的抗原识别等。

4.法医学上的应用

亲子鉴定中为有力证据之一。

HLA数据库

HLA Epitope Registry 是一个在线的数据库，存储了HLA Allel 对应的抗原表位信息
http://epregistry.ufpi.br/index/databases/database/ABC/
第一列是抗原表位的名字，第二列代表该基团是否暴露在抗原分子表面，第三列信息和第一列一样， 第四列表示频率， 可以连接到ANFD数据库， 第五列表示抗体反应，如果存在实验证据支持，取值为confirmed,其他则为provisional; 第六列表示抗原表位的结构，第七列表示Luminex 芯片中对应的HLA Allel; 第八列表示抗原表位对应的所有的Allel
IMGT/HLA数据库
https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/stats.html
HLA Dictionary, 中文名叫做HLA 字典，记录了HLA-A, -B, -C, -DRB1/3/4/5 和 -DQB1 等HLA基因的不同Allel 对应的血清学分析鉴定的抗原。最新版本于2008年发布，共包含了832个HLA Allel对应的血清学抗原信息
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/j.1399-0039.2008.01183.x
ANFD全称Allel Frequency Net Database, 存储了HLA, KIR，Cytokine, MIC 共4种人类基因组中多态性较高的突变信息，其中记录了allel, haplotype, genotype 3种格式的信息，最关键的是，提供了在不同人群中的频率信息。
http://www.allelefrequencies.net/default.asp

补充

软件列表：（来自：http://blog.sciencenet.cn/blog-623545-1095320.html）
1.xHLA
2.HLA-HD
3.HLAscan
4.HLA-PRG-LA
5.HLAreporter
6.SOAP-HLA
7.HLA-VBseq
8.Optitype
9.ATHLATES
10.PHLAT
11.HLA-Forest
12.Omixon HLA explore
13.illumina HLA Sure Select Assign
14.HLAssign
15.hla-polysolver
基于SNP芯片：
1.SNP2HLA（2014）
2.HLA-check(2017)
3.HIBAG
4.eHLA
5.MAGprediction
6.HLA-IMP系列