科研与生信记录
科研与生信记录

2022-06-13平台devtools与seurat安装

阴差阳错竟然安上了

直接安装seurat报错

ERROR: compilation failed for package ‘RcppTOML’

* removing ‘/GPUFS/scut_hlchen_5/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppTOML’

Warning in install.packages :  installation of package ‘RcppTOML’ had non-zero exit status

方式 参考 https://www.softwarecollections.org/en/scls/rhscl/devtoolset-8/

在R终端输入

yum install centos-release-scl

 yum install devtoolset-7-gcc*

scl enable devtoolset-7 bash

然后进入R环境：输入大写R

安装devtools

install.packages("devtools")

可能提示随便选一个镜像，安装成功了

回到R界面后发现可以调用devtools安装别的包了

装上RcppTOML

require(devtools)

install_version("RcppTOML", version = "0.1.3", repos = "http://cran.us.r-project.org")

然后就可以直接用BiocManager::install("Seurat")装上"Seurat"了！！

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