学习：StatQuest-Heatmap

Heatmap

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在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。

热图中的标准化和聚类

Z-score

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如果有一列数据，我们要计算Z-score：

1. 计算这组数据的均值
2. 每个数据点减去均值
3. 计算标准差

4. 用第二步计算的值除以标准差

   
   
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   标准化有对某一基因标准化的，有对每个样本进行标准化的，有对整体进行标准化的

聚类

1.层次聚类

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假设我有4个基因，三个样品，我们看个小热图，能清楚每个样品中，哪些基因是相似的。把这些基因聚到一起，如下图：

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然后将他们聚到一起：

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我们利用以下公式计算对应样品基因的相似度

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当然，以上是根据欧式距离
我们还可以根据曼哈顿距离：绝对值之和

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以及马氏距离来计算对应样本两个基因的相似度

总结一下：

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热图两个重要的步骤，一个是标准化，另一个是聚类