2019-12-30 作业2,总结ID转换需要的数据包

前天的作业用偷懒的方法完成后,很惭愧,虽然后来也找到了转换ID的代码,但是确实没有太多的编程思维,还是需要训练。

上次拿到的是人的gene symbol,转换成"ENTREZID"的gene ID,而且如果丢失太多的情况下需要先转换成ENSEMBL再转。

所以今天来总结一下,争取记住一个包:
参考学习资料:

  • http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html
  • http://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Organism
  • http://www.biotrainee.com/thread-2771-1-1.html

org.Hs.eg.db

Genome wide annotation for Human

  • 上面第一个链接点进去即可看到全部介绍。

  • 第二个链接是所有物种的数据包在bioconductor的集合

  • 第三个链接则是之前在技能书有前辈总结的。


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