分子动力学

【Lammps】Zhou势函数拟合（python程序）

【Lammps】Zhou势函数拟合（python程序）Zhou合金势主要用于金属的分子动力学模拟，下面将主要对lammps自带程序生成相关合金势函数。

何为xl·2024-02-09 07:09

JCIM | 在gromacs中进行恒定ph模拟

恒定pH分子动力学(MD)是一种强大的技术，可以动态地改变残留物的质子化状态，从而能够以一种以前不可能实现的方式研究pH相关性。最近，这样一项技术引入到了Gromacs中。

药研猿·2024-02-07 05:36

JACS | MD揭示TetR中热点突变引起的多重别构调控机制

作者利用广泛的分子动力学模拟研究了四环素抑制剂(TetR)的几个代表性热点突变体。发现TetR通过同位效应机制调控细菌中的抗生素抗性基因。

药研猿·2024-02-07 05:36

分子动力学模拟—LAMMPS 模拟（固体和液体）数据后处理软件（六）

================================记录一下检索到一篇分子动力学模拟数据后处理的软件。感谢论文的原作者！

123wxw·2024-01-18 23:55

虚拟筛选, 反向对接与分子动力学模拟

分子对接：virtualscreening虚拟筛选虚拟筛选，也称生物活性筛选，即在进行生物活性筛选之前，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发现效率。大多数虚拟筛选软件都很贵。autodock也可以做虚拟筛选。zinc提供了三千五百万个小分子以供docking从ZINC中寻找小分子http://zinc.docking.org/substances/h

Peng_001·2024-01-14 13:10

GPUMD分子动力学模拟-学习与实践

GPUMD分子动力学模拟-学习与实践【20220813-樊哲勇|基于GPUMD程序包的机器学习势和分子动力学模拟】https://www.bilibili.com/video/BV1cd4y1Z7zi?

skywalk8163·2024-01-14 03:41

飞桨分子动力学模拟-论文复现第六期：复现TorchMD

飞桨分子动力学模拟-论文复现第六期：复现TorchMDPaddleforMD飞桨分子动力学模拟科学计算复现论文-TorchMD:Adeeplearningframeworkformolecularsimulations

skywalk8163·2024-01-14 03:08

Ovito 技巧：筛选体系中特定种类的原子

----------------------------------------------------------------------OVITO是一款功能强大的分子动力学模拟软件，能够帮助用户轻松进行各种分子动力的模拟

123wxw·2024-01-12 12:54

晶格动力学程序 GULP

大家好，我是木南分子动力学软件诸多，包括：1.LAMMPSLAMMPS即Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器

123wxw·2024-01-12 12:24

lammps分子动力学入门到进阶

1、石墨烯、金属材料建模及力学分析；2、纳米流体模拟及流动性质分析；3、热传导及导热系数模拟计算；4、多成分体系（金属、合金、高熵合金）的摩擦模拟以及材料切削模拟；5、离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟。6、自建分子力场文件及MOFs材料建模分析；7、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟分析；8、利用ReaxFF模拟碳氢化合物的燃烧及氧化过程；9、利用ReaxFF模拟化学机械抛光施压

20220705·2024-01-03 12:37

第一性原理——模拟计算

天玑算·科研服务_DFT计算_MD模拟_FEA_ML_相图计算200余位计算工程师均来自己TOP高校及科研院所，涉及第一性原理，分子动力学，有限元，机器学习，可为催化、电池、能源、化工、生物等重多领域提供技术支持

巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:34

分子对接——模拟计算

天玑算·科研服务_DFT计算_MD模拟_FEA_ML_相图计算200余位计算工程师均来自己TOP高校及科研院所，涉及第一性原理，分子动力学，有限元，机器学习，可为催化、电池、能源、化工、生物等重多领域提供技术支持

巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:34

分子动力学模拟

天玑算·科研服务_模拟计算_超算租用_实验测试天玑算·科研服务致力于营造良好科研生态环境，加速科研成果转换，500余位TOP高校博士计算工程师团队，涉及第一性原理、分子动力学模拟、有限元等领域，为电池、

巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:33

有限元仿真

https://phadcalc.com/simulation/details.html天玑算·科研服务是专业的模拟计算平台，200余位TOP高校博士计算工程师团队，涉及第一性原理、分子动力学模拟、有限元等领域

巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:00

gromacs学习及使用(3)

1.GROMACS分子动力学模拟教程：多肽-蛋白相互作用8.溶剂和氢原子位置的弛豫:位置限制MDgmxgrompp-v-f03_nvt_pr1000_PME.mdp-cprotein-EM-solvated.gro-pprotein.top-oprotein-NVT-PR1000

病树前头·2023-12-02 03:09

gromacs学习及使用(1)

1.Gromacs的使用2.Gromacs的第一步_能量最小化3.分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）4.GROMACS优化(没看懂)5.GROMACS快速入门（有好东西）GROMACS中文教程

病树前头·2023-12-02 03:08

gromacs 安装_GROMACS简介与安装

分子动力学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，而且还发挥着预见性作用。其在生物、医药、材料、化学等学科领域均有广泛应用。

weixin_39936380·2023-12-02 03:36

分子动力学模拟-gromacs的基本使用

由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程，用以记录学习过程gromacs推荐使用conda安装:condainstall-cbiocondagromacs下载pdb文件：从RCSB其检索号为1aki，wget下载即可去除水分子对于不需要水分子的模拟，需要用命令除去水分子grep-vHOH1aki.pdb>1AKI_clean.pdb生成拓扑文件gmxpdb2gmx-f1AKI_cle

独木小舟去大海·2023-12-02 03:36

分子动力学模拟学习2-Gromacs运行分子动力学模拟

1.把上一步生成的Enzyme.gro和Enzyme.top文件改个名字cpEnzyme.toptopol.topcpEnzyme.grocomplex.gro2.能量最小化首先准备能量最小化mdp文件em_real.mdp，示例如下;minim.mdp-usedasinputintogrompptogeneratereal_em.tpr;Parametersdescribingwhattodo,

TruelyBe·2023-12-02 03:36

linux的gromacs模拟分子运动,GROMACS分子动力学模拟技术与应用

该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”课程内容分子动力学模拟基础1分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义

流年二十春·2023-12-02 03:06

Gromacs基础教程一：入门建议

本系列教程针对的群体：非计算化学专业，而是偏生物方向的、有少量分子动力学模拟需求的人群。

Mornight_黎英·2023-12-02 03:35

GROMACS软件

GROMACS介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。

dltan·2023-12-02 03:35

蛋白质配体复合物-分子动力学模拟Gromacs

前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。蛋白质配体复合物模拟一般过程：获取蛋白质结构文件、分子对接后的配体结构文件→准备蛋白质拓扑→选择力场→小分子拓扑→复合物拓扑→添加盒子、溶剂→添加离子→能量最小化→NVT、NPT平衡→开始模拟→分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件、分子对接后的配体结构文件2.准备拓扑、选择力场3.小分子拓扑4.创建复合物拓扑5.添加

TD_FF·2023-12-02 03:04

分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）

前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。模拟一般过程：获取蛋白质结构文件→准备拓扑→选择力场→添加盒子、溶剂→添加离子→能量最小化→温度、压力平衡→开始模拟→分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件2.准备拓扑、选择力场3.添加盒子、溶剂4.添加离子5.能量最小化6.温度、压力平衡7.开始模拟8.分析结果开始1.准备蛋白质结构文件蛋白质结构文件（.pdb）可以

TD_FF·2023-12-02 03:33

gromacs学习及使用(2)

命令解释参考GROMACS基本教程整个流程参考分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）从gromacs5.0版本开始，所有的工具都是“gmx”的子模块。

病树前头·2023-12-02 03:03

LAMMPS之约束方法

转载自https://zhuanlan.zhihu.com/p/257811414LAMMPS之约束方法在分子动力学模拟中，无论是出于节省计算资源的目的，还是出于人为地对某些结构进行控制的目的，都会涉及到对系统的运动自由度加以限制

wuhui1993·2023-11-25 20:29

Lammps分子动力学核心技术培训班

LAMMPS分子动力学核心技术实战培训班各企事业单位、高等院校及科研院所：分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。

李路欣·2023-10-30 06:52

干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用

前言分子对接(Moleculardocking)与分子动力学模拟(Moleculardynamicssimulation)是计算生物学中重要的一部分，在生物学研究中不断发挥着重要的作用。

APExBIO2022·2023-10-28 01:13

Ansy rocky模拟仿真教程-颗粒物

一、Ansyrocky模拟仿真的原理Ansyrocky模拟仿真基于分子动力学（MolecularDynamics）和有限元方

a谷雨c·2023-10-26 13:07

Pymol做B因子图

分子动力学模拟结束后，获得蛋白的平均结构，比如获得的平均结构为WT-average.pdb然后将平均结构导入到Pymol中，可以得到B因子图。

xiaolan39·2023-10-10 19:38

智能优化算法：原子搜索优化算法 -附代码

原子搜索优化算法文章目录智能优化算法：原子搜索优化算法1.原子优化算法原理2.实验结果3.参考文献4.Matlab代码摘要：原子搜索优化算法（AtomSearchOptimization）是于2019提出的一种基于分子动力学模型的新颖智能算法

智能算法研学社（Jack旭）·2023-10-09 03:20

计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法

计算材料学(ComputationalMaterialsScience)是近年来飞速发展的一门新兴交叉学科。它综合了凝聚物理、材料物理学、理论化学、材料力学和工程力学、计算机算法等多个相关学科。学科旨在利用现代高速计算机，模拟材料的各种物理化学性质，深入理解材料从微观到宏观多个尺度的各类现象与特征，并对于材料的结构和物性进行理论预言，从而达到设计新材料的目的。与传统的物理、化学、材料等学科相比，计

hdpai2018·2023-10-07 22:41

2023-CADD、AIDD/分子对接、gromacs分子动力学全程实操、代谢组学

CADD(ComputerAidedDrugDesign):计算机辅助药物设计，依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，以计算机化学为基础，通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用，考察药物与靶点的结构互补、性质互补等，设计出合理的药

itwangyang520·2023-10-05 10:38

AI在小分子领域应用

在本节中，我们考虑了分子学习中的几个关键任务，包括分子表示学习、分子构象生成、从头生成分子、分子动力学模拟

远洋之帆·2023-09-29 19:40

Gromacs 续跑和画图

Gromacs续跑和画图GROMACS（GroningenMachineforChemicalSimulations）是一款用于分子动力学模拟的开源计算化学软件包。

MurphyStar·2023-09-22 19:43

恒定PH值分子动力学模拟

自然界中往往存在一些对PH值敏感的蛋白，当我们想要探究这些蛋白在不同PH条件下构象变化时自然离不开MD的辅助。遗憾的是Gromacs暂不支持恒定PH条件下的模拟，因为这涉及到了蛋白表面残基质子化状态需要时刻改变。一种折衷的方法是：用propka等预测工具预测蛋白极性/可质子化残基的pka值（因为实际蛋白表面的pka值可能受到邻近残基的影响而发生偏移），然后根据想要模拟的PH环境，自主确定各个可质子

药研猿·2023-09-21 23:17

计算机辅助药物设计的基本原理

计算机辅助药物设计是应用量子力学、分子动力学、构效关系等基础理论数据研究药物对酶、受体等的作用的药效模型，从而达到药物设计之目的。计算机辅助药物设计的方法始于1980年代早期。

hdpai2018·2023-09-21 00:02

计算机辅助药物设计的基本原理是什么

计算机辅助药物设计是应用量子力学、分子动力学、构效关系等基础理论数据研究药物对酶、受体等的作用的药效模型，从而达到药物设计之目的。计算机辅助药物设计的方法始于1980年代早期。

WangLy_2008·2023-09-21 00:00

在许多特定的工业领域，龙讯旷腾PWmat-MLFF机器学习平台有望带来前所未有的改变

龙讯旷腾·2023-09-20 09:55

6月16日一同探讨PWmat—MLFF机器学习在分子动力学中的应用

直播预告分享主题PWmat—MLFF机器学习在分子动力学中的应用日期和时间2022年6月16日/14:00星期四（线上）讨论方向1.理论背景特征的产生线性模型VV模型KFNN模型KFDP模型2.实际操作数据预处理如何处理

龙讯旷腾·2023-09-20 09:55

PWmat强大的第一性原理计算能力有望在有限计算资源内增加可模拟的体系尺寸或模拟的时长

本文整理自/《机器学习在分子动力学中的应用》培训视频原创/wlj编辑/paprika力场的概念，机器学习的作用我们都知道在很多实际问题中，需要模拟体系的动态过程，而这需要计算体系的能量。

龙讯旷腾·2023-09-20 09:25

龙讯旷腾机器学习力场PWMLFF V0.1.0——优化件lammps接口，提供主动学习方案

PWMLFF（机器学习力场）手册http://doc.lonxun.com/PWMLFF/我们都知道从第一性原理出发的分子动力学（AbInitioMolecularDynamics,AIMD）计算非常精确

龙讯旷腾·2023-09-20 09:24

分子动力学LAMMPS、MS、Gaussian、VASP培训课程

中国管理科学研究院职业资格认证培训中心分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。

西山布衣·2023-09-19 16:55

Bioinformatics2023 | 利用深度学习和分子动力学模拟设计抗菌肽

文章标题：Designingantimicrobialpeptidesusingdeeplearningandmoleculardynamicsimulations代码：https://github.com/gc-js/Antimicrobial-peptide-generation一、问题PandoraGAN使用手动策划的130个高活性肽的训练数据集，其中包括来自已知数据库(如AVPdb)和文献

羊飘·2023-09-10 18:24

基于Forcite模块的分子动力学研究药剂与矿物相互作用实例（一）

关键词：相互作用MSForcite分子动力学径向分布笔名：杨过Forcite模块是分子动力学计算的主要模块，研究范围广，可以对多种周期性体系进行计算分析，在矿物分选领域中主要是计算分析药剂与矿物相互作用

CAE320·2023-09-09 13:55

PocketMiner:基于深度学习发现蛋白的隐式口袋

文章目录1.文章简介2.前言3.方法3.1模型框架4.结果4.1已知隐式口袋在分子动力学模拟分析迅速打开4.2图神经网络模型能够准确预测模拟中口袋的动态变化4.3隐式口袋数据集数据集揭示了新的隐式口袋形成的模式

贺俊宏·2023-08-31 07:44

显性水溶液中蛋白质的分子动力学模拟

显性水溶液：用分子力场显式地表达水分子环境。tip3p;spce;spc等模型隐性水溶液：用方程描述水分子的作用；例如GB模型，PB模型。（逐渐被抛弃，准确度不高）pdb数据库下载对应文件；pymol去除溶剂；查看分子结构有无损坏；可用modeller；ds；rosetta；chimera；loop修复gmxmdrun参考教程http://www.mdtutorials.com/gmx/lysoz

我没表情·2023-08-31 00:28

GPCR膜蛋白分子动力学模拟

1.前期蛋白的准备a.分别以模板1和模板2及其双模板的晶体结构为模板进行同源模建（使用Modeller-9.25，给100个蛋白构象）；b.对以上产生的100个构象进行DOPE、GA341、MOLPDF计算，按照得分进行排序（DOPE负值越大越好，GA341越接近1越好,MOLPDF值越小越好）；c.挑选排名前10的构象，叠合观察三种建模方式的模型差异；d.对以上前10的构象进行拉氏图、Verif

Timeless_papa·2023-08-27 11:39

PIMD｜想用深度势能做路径积分分子动力学的同学这下有福了

在做分子动力学模拟的时候，你有没有对这个问题感到过困惑：我模拟的原子那么小，用经典力学的小球模型描述它们的运动精度够吗？为什么对原子的运动不用量子力学？

·2023-08-23 17:14

Principal Component Analysis｜细看成岭又成峰：动力学轨迹的主成分分析

如何将PCA与分子动力学轨迹结合碰撞出新的火花？快快

·2023-08-15 17:27

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