XMLtoPairwise | 又多一个BLAST结果解析器

写在前面

前两天，推了一篇《简洁 | 优雅地整理 BLAST 比对结果》。其中我大体介绍了四种 BLAST 常用格式：

• Pairwise
• ASN
• XML
• Table

同时也推荐 TBtools 用户做 BLAST 的时候，使用 XML 格式输出。这样可以使用 TBtools 自开发的数据 BLAST 结果可视化功能。但文中也有提及，如果我们只是进行一两个序列的 BLAST ，同时关注比对细节，那么最好是用 Pairwise 格式输出 。
于是这就存在矛盾。一方面建议 TBtools 用户用 XML 输出，另一方面我们不时也想要 Pairwise 格式输出。咋办？用了用，我还是觉得不爽。换句话说，鱼与熊掌，成年人不是全部都要吗？
尽管我不清楚到底有没有 BLAST XML 格式转换为 Pairwise 格式的软件 / 脚本。只是。。。这似乎也没啥关系，管他有没有，只要我们想要，那么写出来就是有。

BLAST XML to Pairwise

是的，BLAST 格式转换功能，又更新了。我相信这样会变得更方便。

从此以后，大家可以非常放心地直接 BLAST 只输出 XML 格式，随后，TBtools 可以转换格式为常用的各种。
当然，不仅如此，我还非常 Nice 地在“BLAST Several Sequences against a Big File”功能中，又增加了一个摁钮....

换句话说，以后只要在 TBtools 里面，直接 BLAST （格式都不用修改，XML会自动转换为Pairwise），完事了点击Text View即可弹出比对结果。比如

于是可以得到

说实话，感觉还是很爽的...因为也可以同时 Visualize看看

写在后面

多少花了两个多小时，解析 XML 并确保格式化为 Pairwise 格式，不是想象中的转转格式，其中还涉及到坐标，Frame等的计算。多少还是那句话，有些事情，或许只有做了的人才知道其中有坑，不小心想起了几个算法实现都遇到坑，多少折腾了点时间才搞完：

• 双序列比对
• KaKs的NG86法实现
• Glock的重写
  ...

Emmm... 事实上，今天提到的这个功能 XML to Pairwise，尽管他只是做了很简单的事情。但我对他很有信心，因为这是一个困扰了我很多的问题，甚至可以说这是应该是 TBtools 用户的需求痛点（如果你也经常用 TBtools 做 本地BLAST 的话）。写完了，我用了一个下午，觉得很爽。。。
而Text View这个自然也不用说。因为他让一些事情会变得更方便。用着用着，我似乎想起了什么。回过头来，重新审视下目前 BLAST 的界面。

其中标注的四点属于后期慢慢加上的。

1. 点击Temp自动创建一个中间文件，因为很多时候要用户设定一个输出文件，显得麻烦，至少我自己用着不舒服
2. 如果用户自己定义一个输出文件，也没用Temp自动创建中间文件，那么在Start的时候自动检测会被发现，并同时自动创建一个中间文件。换句话说，这一调整，为绝大多数用户减少了一步操作。说实话，就这个改进，可能减少了至少80%以上用户的BLAST报错。因为很多人就是没习惯设置输出文件...
3. Visualize提供了快捷可视化接口，不需要用户复制输出文件路径，跳转新功能去可视化。至少，我自己不想。
4. Text View，今天增加的功能，不赘述。

可以看出，我最得意的是第 2 点。他并没有解决用户使用问题，而是解决了用户使用问题的发生。我恍然想起小时候写 TBtools 的想法。

一个好的软件，不需要 Manual。

然而...似乎我自己也忘了这个，更或者，这个确实不容易。