GEO芯片数据差异表达分析

前面简单给大家介绍过

GEO数据库数据检索方法（一）

GEO数据库数据检索方法（二）

GEO数据库数据页面介绍（三）

零代码差异表达分析工具：GEO2R

零代码差异表达分析——手把手带你GEO实战

有些小伙伴反映，仅仅看文字版本还是不知道怎么实际动手操作。为了让大家理论结合实际，能真正动手分析自己的数据，小编特地录制了一门视频课程。

☞基于GEO公共数据库的数据挖掘

本系列课程一共包含三门课程，一共24期视频。
第一部分：GEO数据库介绍，数据检索，差异表达分析，boxplot绘制，主成分分析（PCA），火山图绘制
第一期:GEO数据库介绍，如何检索自己感兴趣的数据
第二期:GEO2R工具和使用方法介绍
第三期:GEO2R结果图和表解读
第四期:mRNA芯片表达谱数据及探针注释文件下载
第五期:读入mRNA芯片表达谱数据及探针注释文件到R中
第六期:mRNA差异表达分析
第七期:绘制mRNA芯片表达谱的boxplot（箱型图）
第八期:mRNA芯片表达谱主成分分析（PCA），火山图绘制
第九期:miRNA芯片表达谱数据下载及差异表达分析
第十期:绘制miRNA芯片表达谱的boxplot,主成分分析和火山图绘制
第十一期：windows下如何安装R和Rstudio软件
第十二期：mac下如何安装R和Rstudio软件

第二部分：GO和KEGG富集分析
第一期：GO介绍，GO富集分析结果解读，4种风格GO富集分析图如何看
第二期：R做GO富集分析
第三期：R绘制四种风格的GO富集分析图
第四期：KEGG介绍，R做KEGG富集分析
第五期：R绘制KEGG富集分析图，通路图（无Fold change）
第六期：R做KEGG富集分析，绘制KEGG富集分析图，通路图（有Fold change，通过差异表达分析获得。可以参考TCGA数据分析和GEO数据分析课程）
第七期：windows下如何安装R和Rstudio软件
第八期：mac下如何安装R和Rstudio软件

第三部分：理论结合实践，详细讲解经常在科研文章中看到的火山图该如何来理解。利用R的EnhancedVolcano包实际动手绘制火山图，详细讲解EnhancedVolcano常用参数的使用方法，绘制出各种酷炫的火山图。
第一期：详细讲解火山图该如何理解
第二期：绘制火山图时如何修改火山图主标题，副标题，脚注
第三期：绘制火山图时如何修改火山图X轴范围，Fold Change阈值，P值阈值，修改点大小，颜色（自定义颜色）和标签大小，如何隐藏标签
第四期：绘制火山图时如何修改火山图中点的形状（自定义形状），修改图注内容，风格和位置，用箭头标注点的名字，只标注感兴趣的点，用带方框的标签来标注点的名字

GEO芯片数据差异表达分析