航运
通航
船只获准通行后，平均通过时间约为9个小时。盖拉德人工渠在不进行疏浚的时候，一般可双向通行。虽然在每次船只通过时都免不了会流失大量的水，但巴拿马的丰富降水量可维持正常的运作。为节约用水，同一航向的船只，只要其大小容许，就可同时一起通过两艘或多艘船只。
巴拿马运河
可通过巴拿马运河船的最大尺寸是：
长度：
总长：950英尺（289.56米）
例外：集装箱船和客船：965英尺（294.13米）
拖船驳船组合，硬性连接：总长900英尺（274.32米）
宽度：
船壳板外表面宽度：106英尺（32.31米）
深度（吃水）：
在热带淡水中：39.5英尺（12.04米）
（运河管理局用Gatun湖的淡水作为参考。水的盐度和温度的影响它的密度，从而影响船舶的吃水深度。）
高限：
从水线到船的最高点：190英尺（57.91米）
例外：在巴尔博亚低水位通过时，205英尺（62.5米）也可通过。
通常所有的例外都必须在特别申请和调查后批准，并且受到限制。
载重：
由于运河的吃水限度，其最大载货量将限制在约52,500吨，其余货物将转运。
贸易
世界经济繁荣时，巴拿马运河的交通量就会上升，不景气时就会下降。1916年通过船只807艘是最低的，1970年交通量上升，通过各类船只高达15,523艘。当年通过运河的货物超过1.346亿公吨。其后，每年通过的船只数虽有所减少，但由于船舶平均吨位加大，载运的货物比以往还多。
主要商品
种类是汽车、石油产品、谷物，以及煤和焦炭。
通行费
在美国管理时期，运河通行费的费率是按维护和营运的成本计算的，因而运河的经费是自筹的。每次通行收取的费用根据船舶装货或载客的容量计算。
从收取的通行费中，巴拿马运河管理局必须缴纳给巴拿马国库年度税费。在缴纳年度税费并付出运河的营运与维护开支后，所有的盈余也都全部上缴国库。
埃尔兰条约
美国政府对法国轻易地得到巴拿马运河的租让权感到不满，时任美国总统的拉瑟福德·伯查德·海斯指出：美国必须把巴拿马运河控制在自己手中。
为了向欧洲国家施压，与法国运河公司抗衡，美国也组织了一个巴拿马运河工程临时协会，由南北战争的著名将军和前总统为主席，1880年，美国2艘巡洋舰驶抵哥伦比亚港口炫耀武力。
美国策划抛开英国，独享巴拿马运河的控制权。在1898年的美西战争之后，美国在政治、军事和经济上都成为世界强国，而英国却深陷于布尔战争的泥潭，在这种背景下，英国政府决定放弃原来对巴拿马运河的分权，以换取美国的外交支持。
1898年12月到1900年2月5日，英美两国历经旷日持久的谈判，终于签署了《美国和英国关于促进建造通航运河的条约》。确立了美国主持开凿巴拿马运河并享有制定运河管理规定的特权，英国只保有运河通航的自由权，12月20日，美国又抛出三个修正案，进一步强化了对运河的控制。至此，美国完全排除了英国的干扰，可以专心对付法国了。
1899年美国派了一个技术委员会来到巴黎，与法国政府接触，探寻转让运河租让权的可能性。然后，美国采取声东击西的办法，故意说要与尼加拉瓜合作，另建运河与巴拿马运河抗衡，这个故意散布的假消息收到了奇效，被吓懵了的哥伦比亚驻美公使在未请示本国政府的前提下，就匆忙草拟了一个将法国运河公司的租让权转让给美国的协议，建议由美国代替法国开凿运河，租期为100年，期满后可续租，美国可以在运河驻军，每年只需支付给哥伦比亚60万美元。
宣布实现
1930年，哥伦比亚政府察觉了巴拿马政局的异常动向，立即派一艘炮艇前往科隆，以防非常事变，但此时美国巡洋舰突然开进科隆港，公开阻止哥伦比亚军队进入巴拿马城。1903年11月3日，两位将军刚到巴拿马城，下午17时就被已经叛变的乌埃尔塔斯逮捕了，阿马多通知美国领事馆，巴拿马已经与哥伦比亚正式脱离关系，阿兰戈父子在巴拿马城的大教堂广场，当众宣布成立巴拿马临时执政委员会，委员会的成员包括巴拿马精英分子和美国铁路公司的高级职员。当晚，巴拿马市议会举行特别会议，承认了这个新政权，1903年11月4日，巴拿马举行群众，宣布独立，推选阿马多为共和国首任总统。
巴拿马独立后，美国立即催促新政府签订运河条约，瓦里亚被巴拿马政府任命为驻美国公使，授予签订运河条约的全权。
美马条约
1903年11月18日，美国与巴拿马共和国签订了《美国与巴拿马共和国关于修建一条连接大西洋和太平洋的通航运河的专约》，条约规定，美国保证巴拿马独立，巴拿马把宽10英里、面积1432平方公里的运河区交给美国永久占领，巴拿马湾中的一些岛屿也交给美国使用，美国一次性付给巴拿马1000万美元，自1913年起，每年支付25万美元。
在传统的观点看来，美国人是通过不平等条约控制了巴拿马运河，并掠夺了本应属于巴拿马人民的财富。事实上，当1903年的条约签订时，塞缪尔·早川教授说了一句令人费解的评语：“我们是正当地偷窃了它！”
美国与巴拿马的关系
对于美国与巴拿马的关系，1927年10月2日，一位巴拿马外交官曾在《纽约时报》上作过如下自嘲性的陈述：“当你以卵击石时，卵碎；换言之，当你以石击卵时，卵碎；美国，石也，巴拿马卵也；无论何种情况，卵皆碎矣。”
不过从另一个角度说，巴拿马应该感谢美国对运河的占领。20世纪初，在弱肉强食瓜分世界的狂潮中，小国巴拿马能够幸免于难，美国的因素无疑是决定性的。
至于运河的收益，虽然1903年的条约早有规定，但为了照顾巴拿马的利益，美国还是不断加以调整，偿付额从1955年起增至每年193万美元。1977年美国和巴拿马签署《巴拿马运河地位和永久中立条约》时，又规定1999年12月31日之前的过渡期，每年从通行税中支付给巴拿马5300万美元，再支付1000万美元为使用费，按照条约，巴拿马几乎不需要任何付出，就获得了巨大的收益。
变故
1964年1月9日，一名巴拿马学生为了维护国家主权和民族尊严，勇敢地携带国旗进入运河区，升起国旗，竟被美国驻军枪杀。这一暴行激起三万名巴拿马人进军运河区，坚决要求在运河区升起巴拿马国旗。美军进行血腥镇压，两天内打死伤共400多人。愤怒的巴拿马人随即袭击美国大使馆，焚烧美国新闻处。1月10日，巴拿马政府与美国断绝外交关系，并宣布废除运河条约。全国许多城市举行罢工、罢市、罢课，抗议美国暴行。1月12日，十万人为英勇献身的爱国青年举行隆重葬礼，“打倒美帝国主义”的口号震撼大地。1965年巴拿马政府规定1月9日为“全国哀悼日”。巴拿马人民的正义斗争得到全世界亿万人民特别是拉美和亚非各国人民的有力支持。
经过时断时续艰难曲折的谈判，1977年9月7日，巴拿马和美国在华盛顿签订了新《巴拿马运河条约》与《关于巴拿马运河的永久中立和经营的条约》。新条约于1979年10月生效，规定废除1903年的美巴条约，运河的经营权和领导由两国政府官员组成的运河委员会负责，两国保证维护和保卫运河，而由美国负主要责任。在新的巴拿马运河条约生效后，巴拿马和美国将保证巴拿马运河永远中立，无论在和平时期还是在战争时期都保证巴拿马运河的安全，并对一切国家的船只开放。