生信随笔-写于20211225

1.确定好研究方向后，开始下载数据之后，观察下载的数据大体分布，特别样本量不是很大的时候，记得去除异常值。

2.微RNA (miRNA) 是一种靶向多种mRNA 并通过触发翻译抑制和/或 RNA 降解来调节基因表达的非编码小RNA 分子。也就是miRNA的靶基因是mRNA,mRNA是唯一的编码RNA，miRNA，LncRNA是非编码RNA。例如miRNA——调控DNA转录——结合mRNA导致基因沉默——导致靶基因下调。

3.所有数据库提供的都是RNA（基因）表达谱，可以通过R中的Tinyarray包找到对应的LncRNA，详情见 https://gitee.com/swcyo/tinyarray

如何预测和鉴定miRNA的靶基因？

详情见： https://zhuanlan.zhihu.com/p/110357532

研究思路

1.基因两两配对后建模型除了贪婪算法组合出最佳组合外，也可以通过Lasso算法，建出一个有系数的基因对模型，这样可以画出3年或者5年的ROC曲线，临床疗效评估，3年不复发：临床认为基本治愈；5年不复发，：临床上认为完全治愈。这也是算AUC的意义所在。

KM曲线cutoff值怎么确定

https://www.jianshu.com/p/11d2cf8d1e28