linux下软件的安装

conda简介

conda最初为管理python包而创建，是一个开源的软件包、环境管理系统，可以用于在同一个机器上安装不同版本的软件包及其依赖，并能够在不同的环境之间切换。
miniconda包括conda、python和一些基础的软件包，主要用于生信领域。
anaconda包括miniconda和众多高质量的软件包，比如numpy、pandas等。

来源：生信星球

服务器中下载miniconda

下载网址

谷歌搜索“miniconda 清华”，点击第一个，下滑到“Miniconda 镜像使用帮助”，点击网址链接，进入miniconda[下载页面]。(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)。

查看linux操作系统版本和位数

输入命令 uname -a。

服务器为x86_64位。

复制下载链接

点击Date↓，按时间由近到远排序，

找到最新（latest）版本的miniconda，右键，复制链接地址。

下载miniconda

1. 输入cd biosoft，进入biosoft目录。
2. 输入wget 粘贴刚才复制的链接地址（windows中按鼠标右键），回车，进入下载。
   

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

安装和配置miniconda

安装miniconda

输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，回车，开始安装过程。中间出现很多版权信息，按回车继续。

输入yes继续。

显示“Thank you for installing Miniconda3!”表示安装成功。输入source ~/.bashrc激活conda。

添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车。

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes # 从channel中安装包时显示channel的url，这样可以知道包的安装来源

使用miniconda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
   

2. 安装软件conda install fastqc -y
-y为yes，表示安装过程中conda的所有问题都回答yes。（不加-y则需要输入y继续。）

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本。如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

3. 确认fastqc软件是否安装成功
   输入fastqc --help，出现帮助文档表示安装成功。
   

4. 卸载软件conda remove fastqc -y
   

conda分身

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

查看当前conda的环境conda info --envs，显示只有一个conda环境。

下面以处理转录组数据为例：

1. 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3（这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，而不是要用python)，安装软件fastqc、trimmomatic。
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   
2. 再次查看conda环境conda info --envs，多了一个rna-seq，但默认还是base。
   
3. 激活新的conda环境conda activate rna-seq，在用户名bio06前面出现了(rna-seq)。
   再次查看conda环境，*转移到rna-seq前面。
   
   
   输入fastqc，显示帮助文档，说明可以使用fastqc了。
   
4. 退出当前环境conda deactivate。