sequoia(
GenoM=NULL,
LifeHistData=NULL,
SeqList=NULL,
Module="ped",
MaxSibIter=42,
Err=1e-04,
ErrFlavour="version2.0",
MaxMismatch=NA,
Tfilter=-2,
Tassign=0.5,
MaxSibshipSize=100,
DummyPrefix=c("F","M"),
Complex="full",
Herm="no",
UseAge="yes",
args.AP=list(Flatten=NULL, Smooth=TRUE),
FindMaybeRel=FALSE,
CalcLLR=TRUE,
quiet=FALSE,
Plot=NULL
)
GenoM：txt格式，行是个体，列是SNP，0，1,2，-9（缺失值），行名为个体ID，无列名
LifeHistData：txt格式，三列，ID(不超过30个字符)sex（1 = female, 2 = male, 3
= unknown, 4 = hermaphrodite）Birthyear（正整数，NA或负整数表缺失值），无列名，但顺序很重要
SeqList：前一次运行的结果
Module：pre(只检查输入)dup（还检查重复基因型）par（还检查亲子分配）ped（执行完整的谱系重建，包括同胞聚类和祖父母分配）
Err：估计的基因分型错误率，作为单个数字或 3x3 矩阵。 错误率在 SNP 中被假定为常数，而缺失被假定为随机的
ErrFlavour：当Err是一个数字时，输入Err，得到3x3矩阵的函数，如果Err本身是函数那就不用了，根据包的版本输入默认值，可以是'version2.0', 'version1.3', or'version1.1'
Tfilter：似然比的阈值，通常是个负数，数值越小孤儿的数量就越少，但是耗时也会变长
MaxSibshipSize：单个个体最大后代数量
DummyPrefix: 母本父本的字符
Complex: 育种系统的复杂性。“full”（默认）、“simp”（简化，没有明确考虑近交关系）、“mono”（一夫一妻制）。
Herm: 雌雄同体的情况，“no”“A”区别父母本（当有个体sex=4s时默认为此选项），“B”不区别
Useage：“yes”(默认)，“no”或“extra”（根据先验年龄额外再算几轮，可能会增加分配，但会增加错误分配的风险）仅在完全重建期间使用。
args.AP：用于调用MakeAgePrior()函数
FindMaybeRel：弃用，Ture或False，在谱系重建后识别未指定的可能亲属对，在大型数据集中可能很耗时，可用GetMaybeRel单独计算
CalcLLR: Ture或False，用于计算所指派的父母的似然比，耗时，可以用CalcOHLLR单独计算
Quiet：抑制消息TRUE/FALSE/"verbose".
Plot：展示图表，当quiet为TRUE时plot为FALSE，反之quiet为FALSE或“verbose”时plot为TRUE。如果出现“figure margins too large”错误，请放大绘图区域（用鼠标拖动）。 如果出现“invalid graphics state”，可以通过使用 dev.off() 清除绘图区域。
# === EXAMPLE 2: real data ===
# ideally, select 400-700 SNPs: high MAF& low LD
# save in 0/1/2/NA format (PLINK's--recodeA)
GenoM <- GenoConvert(InFile = "inputfile_for_sequoia.raw",
InFormat ="raw") # can also do Colonyformat
SNPSTATS <- SnpStats(GenoM)
# perhaps after some data-cleaning:
write.table(GenoM,file="MyGenoData.txt", row.names=T, col.names=F)
# later:
GenoM <- as.matrix(read.table("MyGenoData.txt",row.names=1, header=F))
LHdata <-read.table("LifeHistoryData.txt", header=T) # ID-Sex-birthyear
SeqOUT <- sequoia(GenoM, LHdata,Err=0.005)
SummarySeq(SeqOUT)
writeSeq(SeqOUT,folder="sequoia_output") #several text files