出发
1816年2月8日下午3时，克拉克.阿裨尔登上了停泊在斯皮特黑德锚地的英国皇家海军舰船“阿尔卡斯特号”，作为阿美士德勋爵访华使团的一名医生，同时也担任博物学家一职。
因为此行，他还得到了一整套用于科学研究的仪器设备，这套设备对于搜集和保存使团到访国家的各种植物，起很大的作用。在博物学家几乎没有涉足过的中国，取得丰富的收获，阿裨尔为比摩拳擦掌，准备大干一场。
这是阿裨尔的海上航行，在开始的几天里，难以忍受的头晕、软弱无力和恶心感迫使他在床上躺了几天，直到船舶即将进入葡萄牙马德拉岛时才逐渐好转。
2月18日船停泊在马德拉岛丰沙尔城外的一处海面上，阿裨尔走出甲板，急切的等待着去完成搜集自然史标本的使命。
在城里，阿裨尔只收集到很少的物种，却在游览城里风光时看到了站在二楼阳台上随意聊天的姑娘们，她们端庄大方，不十分漂亮却很有魅力。
他还看到了街上看到了众多的教士，他们在街上休闲的走着。生活优裕，为人自负，这是他们给阿裨尔心上留下的第一印记。
船只朝着赤道方向继续航行，周围不断有飞鱼出现，阿裨尔以观察它们的习性作为消遣以驱除烦闷心情。
2月27日早晨阿裨尔在北纬10°38’、西经25°47’获得一个飞鱼标本，本着“自然界是考察研究的无穷无尽的源泉”的精神”，阿禆尔对这个标本做了详尽细致的观察和描述，包括它的物种特征、生活习性等。
怀着悲天悯人的心情，阿裨尔一路为飞鱼们祈祷，希望它们不必遭遇到来自人类的伤害。
3月4日，航船穿过了赤道并收帆减速，向海神致意。至此，使团已完成第一阶段的航程。
抵达南美洲
阿美士德使团队伍由3艘航船组成，除了“阿尔卡斯特号”外，还有“里拉号”和“休伊特将军号”。3月10日，在南纬10º39’西经32º47’，其它两艘船告别了“阿尔卡斯特号”，驶往好望角。
3月20日下午，“阿尔卡斯特号”到达南美洲的的里约热内卢，全船的人都急切而好奇的想踏上这片神奇的新大陆，因而充满了兴奋的激情。
此时传来了间断的大炮声，原来是葡萄牙女王去世了，所有各国的船只都降半旗，每五分钟鸣枪一次，以表示对女王的敬意。
在圣塞瓦斯蒂安城，阿裨尔被乡村丰富的物产、迷人的自然风光征服了，他饱览着周围的景色，陶醉其中，搜集到许多有趣的鸟类、昆虫和植物。
但是城市的光景令阿裨尔感到厌恶、悲哀。奴隶贸易正被以走私的方式不断进行，黑人奴隶占据了城市人口的四分之三。奴隶们被铁链栓在一起，脚下拖着沉重的木底鞋，或者裸露着满是鞭痕的肩膀。
城市供水设施落后，还是依靠奴隶每天不断接水，阿裨尔觉得这个城市要尽快建设起城市供水工程。在鱼类蔬菜市场，奴隶们用不同的混杂语言为主人交换物品，污物乱堆，发出的臭气令人作呕。
在一处街角，阿裨尔听一名奴隶演奏一件粗糙的乐器，和他们一起晃动身体，并买下了这件乐器。这乐器是他们民族的象征物，带着奴隶们对家乡的回忆，对自由的向往感情。
难忘的爪哇之旅
3月31日早上，“阿尔卡斯特号”驶离里约热内卢港，4月18日下午驶临好望角，在桌湾抛锚。在好望角驻留到5月5日，然后向巽他海峡出发。6月9日，舰船停泊在阿涅尔锚地。
停泊期间，阿美士德勋爵和他的许多随从前往各处活动。勋爵很支持阿裨尔的研究，允许他选择自己的旅行方式，因此阿裨尔得到了自由旅行的机会。
在阿涅尔，阿裨尔近距离的观察了一条被水手们切割成碎块的大鲨鱼，他费劲的取下鲨鱼的眼睛，仔细观察它的结构。
他还得到一条䲟鱼的标本。对于得到的资料阿裨尔都十分珍惜，可惜他得到的大量珍贵资料后来在“阿尔卡斯特号”返航途中丢失，让他深感痛惜。
阿裨尔在当地官员陪伴下前去考察当地的一座火山——卡郎山。途中经过一片平原，这里有精耕细作的田地，有可口的椰子和香蕉，土著人可以非常灵巧的爬上高大的树木去摘椰子，不用任何协助。这里还出售槟榔、萎叶和熟石灰，这些都是爪哇人最喜爱的咀嚼物。
道路变得难走起来，出来了山丘、梯田、人工沟渠，爪哇人辛勤劳作，不让土地休眠。一年除了收货两季水稻外，还收货甘薯以及一种可以结出豆荚的黄瓜。
又经过广阔的森林区，不同的树林间被富饶的草原彼此分隔开，土著人牵着水牛从林中走出来，一幅和大自然如此协调的绝色美景，让阿裨尔身心愉悦。
一行人在道路右拐后迷了路，幸亏一名爪哇人及时出现并指出了方向，原来火山口边的普拉索皮提村村民们早已在地上插上树枝为客人们指明了方向，只需按树枝指示前走，便可到达目的地。
阿裨尔一行人受到村民们的热情接待，为他们准备住处和吃喝。村民们过于热情的举动一度让阿裨尔警觉起来，但很快发现担心是多余的。
前往火山口的道路要克服难以想象的艰难，阿裨尔有好几次跌倒，差点掉下山去，是土著村民们寸步不离的照顾才得以幸免。阿裨尔在考察笔记中如是说：
“用热心、好胜这样的言辞是不可能对这些天性温厚的山民做出充分评价的，他们都急切地彼此争着帮助我。在上山的过程中，我的所有考察工作都得到了他们极大的帮助，尽管他们并不理解我考察的目的。”
在整个爬山过程中，周围到处是有意思的植物，还发现了一种波形金发藓，它与生长在英国的种类相似。终于看到了一种熟悉的植物，与最亲近的生活场景连在一起，这让阿裨尔很高兴。
整个考察过程得到了土著村民们的极大帮助，他们争先恐后的为阿裨尔采集来各种动物、植物、岩石等标本，并以获得成功而洋洋得意。
这趟愉悦的旅程、爪哇人的仁爱天性，给阿裨尔留下了深刻的印象，他后来在船队返航时又在这里呆了一段时间。阿裨尔深深感受到这些爪哇人，无论在智力还是道德方面，都是很优秀的，而他们仍在被当做肉食兽被四处追杀。
阿裨尔还观察了爪哇大蝙蝠、爪哇大蛇以及爪哇蜥蜴、壁虎。通过认真的观察，阿裨尔发现长相丑陋看似凶残的爪哇大蝙蝠并非食肉动物，它的胃部构造更接近食草动物的，它吃果树的花，对果树造成了可怕的破坏。
阿裨尔对爪哇大蛇做了细致的测量解剖。对于爪哇大蛇能否杀死和攻击人类，他在爪哇未能获得确切的证据，但他通过自己曾在别处做过的几次观察实验，以及引用海兰德船长养蛇的亲身记述来佐证他的观点。
在对蜥蜴的描述中，由于“尽管那里的蜥蜴习性非常有意思，但至今也没有对之进行过细致的研究，对他的描述也非常之少，可以说是微不足道”，所以只对看到的做描述，而不轻易下结论。
而对于传说中的爪哇人被谴责通过将壁虎吊起来，刺激它分泌特有的毒液，是“邪恶施毒犯”抱怀疑态度，希望能尽力搞清，平息问题，虽然还没能获得有力证据，但阿裨尔这种贯穿全书的对学术严谨的态度和人道主义精神是十分可贵的。
使团返回英国途中在爪哇逗留了长达七周的时间，虽然这次有更充分的机会观察殖民者的举止礼仪，阿裨尔也确实参加了几次他的同胞们或荷兰当局举办的舞会，但他显然的志不在此。
他更愿意穿梭在这座城市的乡村和城市之间，感受各地风光和风土人情。市场上出售大量的热带水果：山竹、菠萝、桃子、番荔枝、红毛丹果、普尔松果等，每一种都十分美味，让人无法用语言形容，而榴莲尽管气味最初无法令人感到愉快，欧洲人很快的也津津有味的吃了起来，对其臭味也没了感觉。
街道二旁长着高大的橄榄树，土著男女在街上溜达，女人穿着长及胸部的裙子，男人完全裸着身体。他们住着由竹子和棕榈树叶子搭盖成的房子，喝一种叫做棕榈汁的饮料。应阿裨尔的请求，一名爪哇人还现场演示了爪哇墨汁的制作过程。
而这里的城区失去了乡村的种种美丽，聚集了许多的华人工匠，在阿裨尔看来是单调乏味让人不舒服的。