Ubuntu14.04+CUDA6.5环境下神经网络工具包Deepnet配置
deepnet是多伦多大学计算机系机器学习组开发的一个神经网络工具包，可以进行以下计算：
1. Feed-forward Neural Nets
2. Restricted Boltzmann Machines
3. Deep Belief Nets
4. Autoencoders
5. Deep Boltzmann Machines
6. Convolutional Neural Nets
主要的成果是其中的DBM，可用于多模态建模。论文是“Multimodal Learning with Deep Boltzmann Machines”
大部分内容转载自机器学习_刘伟
1、下载Deepnet，解压并仔细阅读目录下的INSTALL.txt文件。
2、安装python数学工具包numpy，scipy和nose，如在终端上执行：
$ sudo apt-get install python3-numpy
可参考这里
测试，如scipy
python >>> import scipy >>> reload(scipy)
3、安装CUDA
增加关于CUDA的环境变量，修改文件~/.bashrc
$ sudo vi .bashrc
在最下面加上
export CUDA_BIN=/usr/local/cuda-6.5/bin
export CUDA_LIB=/usr/local/cuda-6.5/lib64
export PATH=${CUDA_BIN}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${CUDA_LIB}:$LD_LIBRARY_PATH
4、安装Protocol Buffers
官网下载，我使用protobuf-2.6.1.tar.gz。
cd至下载路径
解压
$ tar zxvf protobuf-2.6.1.tar.gz
进入解压目录
$ cd protobuf-2.6.1
安装源码，配置、编译、编译检查、安装
$ ./configure $ make $ make check $ make install
增加环境变量
$ sudo vi .bashrc #在最下面加上 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
测试
$ protoc --version
libprotoc 2.6.1
错误 ImportError: No module named google.protobuf
cd到解压后的protobuf文件夹下的python文件夹，执行
sudo python setup.py install
错误 error: package directory 'google/protobuf/compiler' does not exist
解决办法：在google/protobuf/下创建compiler文件夹
检查
sudo python setup.py test
错误 ImportError: No module named descriptor_cpp2_test
无法解决！！！求教！！（但貌似对结果无影响）
5、cudamat编译
$ cd cudamat文件夹 $ make
deepnet作者上传的cudamat有所缺失，下载cudamat工具包并make编译，将编译后文件夹中的learn.py、learn.pyc（我这没有）和 libcudalearn.so复制到deepnet的cudamat文件夹下即可。现在cudamat已经改版，需要文件的请联系我。
增加cudamat环境变量
$ sudo vi .bashrc
在最下面加上（这里下载的deepnet名字为deepnet-master，我将其改为deepnet，并且里面还有一个deepnet子文件夹）
export PATH=/home/username/deepnet/cudamat:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/username/deepnet/cudamat:$LD_LIBRARY_PATH
export PYTHONPATH=${PYTHONPATH}:/home/username/deepnet/deepnet
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/username/deepnet
6、下载MNIST数据集，cd到deepnet/deepnet/examples目录下运行
$ python setup_examples.py <path to mnist dataset> <output path>
这句主要是配置数据集和输出文件的位置。到examples下的任一目录执行可执行文件runall.sh，如在deepnet/deepnet/examples/rbm下执行：
$ sh runall.sh
遇到的问题
1、deepnet的python需要matplotlib包，而matplotlib包又依赖于freetype（提供读取TTF字体文件）和libpng（提供加载和保存PNG文件），因此这两者需要先安装。我在装freetype时遇到了问题。
运行runall.sh时，显示“No such file or directory: u'tmp/matplotlib-username/frontList.cache'”
原因：缺失matplotlib-username文件夹（username是我用户名）
解决：
$ mkdir /tmp/matplotlib-username
2、运行runall.sh时，出现“No GPU board available”
原因：deepnet将GPU关闭
解决：更改 /deepnet/deepnet下的trainer.py文件，将main中的两个if ： board = LockGPU()和board = FreeGPU()注释掉，用以下两行来替代GPU的初始化设置，放在main第一行：
cm.cuda_set_device(0) cm.cublas_init()
3、运行cudamat出现错误，如下图
原因：我的机器GPU为GTX750，CUDA是6.5，作者使用的GPU或CUDA版本比较低，当在cudamat下make的时候，不兼容。
解决：更改Makefile文件
vi Makefile
我的Makefile如下
即增加了35和50两行。