R语言 关联TCGA数据库下载的RNA-SEQ数据和临床信息

刚开始学习TCGA数据处理和分析,记下来方便以后查看   

setwd("E:/MyData/luadRNA-SEQ-20201028") #把工作目录定位到manifest文件所在的位置
manifest= "gdc_manifest.2020-10-28.txt"
x=read.table(manifest,header = T) #header为TRUE表示读取第一行作为变量名

  表格已经建好了,可以view(x),发现长这样

R语言 关联TCGA数据库下载的RNA-SEQ数据和临床信息_第1张图片

接下来定义两个变量,一会儿要用:

manifest_length= nrow(x) #行数
id= toString(sprintf('"%s"', x$id))

接下来运行脚本:(提取自https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Search_and_Retrieval/)

Part1= '{"filters":{"op":"in","content":{"field":"files.file_id","value&#

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