poj 2778 DNA Sequence

http://poj.org/problem?id=2778

AC自动机 + 矩阵连乘

代码：

#include<iostream>

#include<cmath>

#include<cstdio>

#include<string>

#include<cstring>

#include<vector>

#include<stack>

#include<queue>

#include<set>

#include<map>

#include<algorithm>



#define LL long long



using namespace std;



const int INF=0x3f3f3f3f;

const int MOD=100000;

const LL LMOD=100000;

const int N=1005;

const int M=1005;

const int K=4;

const int MATRIXN=5;

const int MATRIXM=115;

const int MATRIXH=115;

struct nodeTrie

{

    int v;

    int fail;

    int next[K];

    void initialize()

    {

        v=0;

        fail=-1;

        memset(next,-1,sizeof(next));

    }

}trie[M];

int cnt,root;

char s[N];

LL ma[MATRIXN][MATRIXM],mb[MATRIXM][MATRIXH],mc[MATRIXM][MATRIXH];

int getNewNode()

{

    ++cnt;

    trie[cnt].initialize();

    return cnt;

}

void addWord(int p,char *s,int k)

{

    if(s[0]=='\0') return ;

    for(int i=0;s[i]!='\0';++i)

    {

        if(trie[p].next[s[i]-'A']==-1)

        trie[p].next[s[i]-'A']=getNewNode();

        p=trie[p].next[s[i]-'A'];

    }

    (trie[p].v)=k;

}

void init(int n)

{

    cnt=0;

    root=getNewNode();

    for(int i=0;i<4;++i)

    {

        s[0]='A'+i;s[1]='\0';

        addWord(root,s,0);

    }

    while(n--)

    {

        gets(s);

        for(int i=0;s[i]!='\0';++i)

        {

            if(s[i]=='C')

            s[i]='B';

            else if(s[i]=='G')

            s[i]='C';

            else if(s[i]=='T')

            s[i]='D';

        }

        addWord(root,s,1);

    }

}

void bfs(int p)

{

    trie[p].fail=root;

    queue<int>qt;

    qt.push(p);

    while(!qt.empty())

    {

        int y;

        int x=qt.front();qt.pop();

        for(int i=0;i<K;++i)

        if(trie[x].next[i]!=-1)

        {

            qt.push(trie[x].next[i]);

            if(x==root)

            {trie[trie[x].next[i]].fail=root;continue;}

            y=trie[x].fail;

            while(y!=root&&trie[y].next[i]==-1)

            y=trie[y].fail;

            if(trie[y].next[i]!=-1)

            trie[trie[x].next[i]].fail=trie[y].next[i];

            else

            trie[trie[x].next[i]].fail=root;

        }

    }

}

void makeMatrix(LL a[][MATRIXM],int n)

{

    for(int i=1;i<=n;++i)

    for(int j=1;j<=n;++j)

    a[i][j]=0;

    for(int i=1;i<=n;++i)

    for(int j=0;j<4;++j)

    {//cout<<i<<endl;

        int p=i;

        int q=0;

        while(p!=root&&trie[p].next[j]==-1)

        p=trie[p].fail;

        if(trie[p].next[j]!=-1)

        q=trie[p].next[j];

        int w=q;

        bool flag=true;

        while(w!=root)

        {

            if(trie[w].v>0)

            {flag=false;break;}

            w=trie[w].fail;

        }

        if(trie[w].v>0)

        flag=false;

        if(flag==true)

        a[i][q]=1;

    }

}

void matrixMul(LL a[][MATRIXM],LL b[][MATRIXM],int n,int m,int h)

{

    for(int i=1;i<=n;++i)

    for(int j=1;j<=h;++j)

    {

        LL tmp=0;

        for(int l=1;l<=m;++l)

        tmp=(tmp+a[i][l]*b[l][j])%LMOD;

        mc[i][j]=tmp;

    }

    for(int i=1;i<=n;++i)

    for(int j=1;j<=h;++j)

    a[i][j]=mc[i][j];

}

int main()

{

    //freopen("data.in","r",stdin);

    int n,m;

    while(scanf("%d %d ",&n,&m)!=EOF)

    {

        init(n);

        bfs(root);

        int MN=1,MM=cnt,MH=cnt;

        makeMatrix(mb,MM);

        memset(ma,0,sizeof(ma));

        ma[1][1]=1;

        while(m>0)

        {

            if((m&1)==1)

            matrixMul(ma,mb,MN,MM,MH);

            matrixMul(mb,mb,MM,MM,MH);

            m=(m>>1);

        }

        LL ans=0;

        for(int i=1;i<=MN;++i)

        for(int j=1;j<=MM;++j)

        ans=(ans+ma[i][j])%LMOD;

        cout<<ans<<endl;

    }

    return 0;

}