pygr - Scalable bioinformatics interfaces in Python - Google Project Hosting

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Welcome to pygr!

Pygr is open source software designed to make it easy to do powerful sequence and comparative genomics analyses, even with extremely large multi-genome data sets. pygr includes:

  • Code for interacting with sequence databases, search methods such as BLAST, repeat-masking, megablast, etc.;
  • Querying and working with sequence annotation databases and sequence alignment datasets;
  • A data namespace for accessing a given resource with seamless data relationship management.
  • Easy data sharing that includes transparent access over network protocols.
  • High performance graph representation and query of interval-based data.

pygr is available under the New BSD license, written in Python, and actively used and developed by several groups.

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