torque作业调度系统

准备环境：系统环境:selinux and iptables disabled
http://hi.baidu.com/lovetolinux/blog/item/2e11638eb0eb56f7513d924d.html   
http://blog.csdn.net/educast/article/details/7168467（整理挺好，可做参考）/2e11638eb0eb56f7513d924d.html
以上次实验为基础:
desktop2.example.com(在这里是调度的主机)
desktop99.example.com
desktop80.example.com（这两个节点是计算节点）
步骤（1）为使各个节点之间（包括调度的主机和两个计算节点）
在主调度节点desktop2.example.com上：
useradd -u 600 sushan
mount 192.168.0.99:/home/sushan /home/sushan
(如果在cd /home/sushan ll 后发现所属组或者所属者为nobody或者是其他的非sushan的话，那么你可
以尝试重启，然后查看！)
在所有节点上：
vi /etc/hosts (所有节点192.168.0.2 192.168.0.99 192.168.0.80)   

#127.0.0.1 localhost.localdomain localhost（注意，这行必须注释，否则连不上计算节点）
desktop2.example.com 192.168.0.2
desktop99.example.com 192.168.0.99
desktop80.example.com 192.168.0.80

vi /etc/hosts.equiv (服务节点: desktop2.example.com)

desktop99.example.com
desktop80.example.com

vi /etc/hosts.equiv (计算节点:desktop99.example.com.desktop80.example.com)

desktop2.example.com

（2）为了在这三个节点之间建立信任的连接：
在主调度节点上：ssh desktop99.example.com
ssh desktop80.example.com
在计算节点desktop99.example.com上：
ssh desktop2.example.com
在计算节点desktop80.example.com上：
ssh desktop2.example.com
（3）在主调度节点上：
get torque-3.0.0.tar.gz
tar zxf torque-3.0.0.tar.gz
cd torque-3.0.0
./configure --with-scp --with-default-server=desktop2.example.com
make
make install
make packages
(4)在主调度节点desktop2.example.com上：
cd torque-3.0.0
scp torque-package-clients-linux-x86_64.sh torque-package-mom-linux-x86_64.sh deskt
op99:
scp torque-package-clients-linux-x86_64.sh torque-package-mom-linux-x86_64.sh deskt
op99:
cd torque-3.0.0/contrib/init.d/
cp pbs_sched /etc/init.d/
cp pbs_server /etc/init.d/
scp pbs_mom desktop99:/etc/init.d/
scp pbs_mom desktop80:/etc/init.d/(这些都得用root身份才可以的。)
（5）在2个计算节点desktop99.example.com上：
root
cd ~
./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
./torque-package-mom-linux-x86_64.sh  --install
（6）在主调度节点desktop2.example.com上：
cd torque-3.0.0
./torque.setup root (设置torque的管理帐户)

(7)在主调度节点desktop2.example.com
cd /var/spool/torque
cat server_name
显示：
desktop2.example.com
cd /var/spool/torque/server_priv
vi nodes

desktop99.example.com
desktop80.example.com

qterm -t quick (停止torque)
service pbs_server start (启动torque)
service pbs_sched start (此为torque的调度进程）
（8）在计算节点desktop99.example.com和desktop80.example.com上
vi /var/spool/torque/mom_priv/config (所有计算节点执行此配置)

$pbsserver desktop2.example.com（注意写的是服务节点主机哦！）
$logevent 255

ll /var/spool/torque/mom_priv
可以看到：jobs
在2个计算节点上：
/etc/init.d/pbs_mom start
在计算节点假设在desktop99.example.com上：
cd ~
mpdboot -n 2 -f mpd.hosts
mpdtrace
显示2个主机！
desktop99.example.com
desktop99.example.com
(9)在主调度节点desktop2.example.com上：
su - sushan(torque的调度需要使用非root用户，torque是集群节点调度器)
vi job1.pbs
vi job1.pbs (串行作业,指的是在一个单用户，单机上运行的。不使用集群)

#!/bin/bash
#PBS -N job1
#PBS -o job1.log
#PBS -e job1.err
#PBS -q batch
cd /home/sushan
echo Running on hosts `hostname`
echo Time is `date`
echo Directory is $PWD
echo This job runs on the following nodes:
cat $PBS_NODEFILE
echo This job has allocated 1 node

./prog（/home/sushan/prog）
qsub job1.pbs(提交作业)
qstat (查看作业)
pbsnodes (查看节点)
从中你可以看到jobs = 0/12.desktop2.example.com 类似的东西.
在desktop99.example.com和desktop80.example.com上：
top查看后台运行情况！
vi job2.pbs (并行作业)

#!/bin/bash
#PBS -N job2.psb
#PBS -o job2.log
#PBS -e job2.err
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=2
cd /home/sushanecho Time is `date`
echo Directory is $PWD
echo This job runs on the following nodes:
cat $PBS_NODEFILE
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes
mpiexec -np 8 /home/sushan/prog

vi prog

#!/bin/bash
echo 1000000000 | ./icpi

(icpi程序是mpi自带的,拷贝过来即可，在软件的安装包里有圆周率计算的原代码icpi.c,而此时的icpi是已经编译好的可执行文件。输入的数字intervals指的是精确度。也就是说精确度越大使用的时间越长。主要搭建的是多个计算节点并行计算，能够实现比单台机子节省时间的效果。)
chmod +x prog
测试结果如下:
[sushan@desktop2 ~]$ qsub job1.pbs（注意在服务节点上提交的哦！）
7.desktop2.example.com
[sushan@desktop2 ~]$ qstat
Job id Name User Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
7.desktop2 job1 sushan 0 R batch
[sushan@desktop2 ~]$ pbsnodes
desktop99.example.com
  state = job-exclusive (只有一个节点在计算） 。。。。。。。。。。。。
desktop80.example.com
  state = free
在集群节点的情况下，2个节点一起计算的时候：
[sushan@desktop2 ~]$qsub job2.pbs（注意实在服务节点提交的哦！）
[sushan@desktop2 ~]$qstat
[sushan@desktop2 ~]$pbsnodes
desktop99.example.com
state = job-exclusive (两个节点都在计算)
np = 1
ntype = cluster
jobs = 0/8.server1.example.com
status =
desktop80.example.com
state = job-exclusive (两个节点都在计算)
np = 1
ntype = cluster
jobs = 0/8.server1.example.com
status =   
如下图：

注:1. 以上测试我是以sushan用户测试,确保所有节点上有此用户,并且在计算节点上
的sushan 用户目录中有 prog 和 icpi 两个可执行程序
2. 启动mpd程序时要使用sushan   用户 因为在调度时会连接计算节点上/tmp/
mpd2.console_sushan

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