samtools得到mapping中各个位置覆盖度情况程序，samtools tview的使用

use strict;
use warnings;


system 'samtools tview /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.bam /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/ref/S288C_R64.fasta';

这里面，前面的参数我们基本不用看，你可以自己选择，

-f 后面跟ref序列

-l 后面跟你的问询序列，序列的格式就是前面文章中的bed文件格式

然后后面要跟bam文件

最后是输出文件。

use strict;
use warnings;

system 'samtools mpileup -ABQ0 -d100000 -f /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/ref/S288C_R64.fasta -l a.bed /home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.bam >PREFIX.gatk.flt.spec.snp.around10.mpileup';

use strict;  
use warnings;  
  
  
system 'samtools tview -s H1_1_Clean /opt/share/yeast/02.assembly/02.processed/01.stampy/yeast_set1/S288C/yeast_set1.S288C.stampy.pe.realn.bam /opt/share/yeast/ref/S288C_R64.fasta';