Linpack的安装部署

需要的软件包：

   1> mpi运行环境，这里我们使用的是：mpich2-1.5.tar.gz

   2>矩阵库GOTOBLAS，我们使用的是：GotoBLAS2-1.13.tar.gz

   3>linpack测试软件包：hpl-2.1.tar.gz

 安装过程：

   1> GOTOBLAS2代数库的安装

      查看cpu架构：cat /proc/cpuinfo 

      

[root@compute-0 ~]# cat /proc/cpuinfo  processor : 0 vendor_id : AuthenticAMD cpu family : 16 model : 5 model name : AMD Athlon(tm) II X4 620 Processor        # 注：我的是AMD的架构 如果你的是intel 应该是CORE2的架构 stepping : 2 cpu MHz : 2600.147 cache size : 512 KB fpu : yes fpu_exception : yes cpuid level : 5 wp : yes flags : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush mmx fxsr sse sse2 syscall nx mmxext fxsr_opt pdpe1gb rdtscp lm 3dnowext 3dnow constant_tsc up rep_good tsc_reliable nonstop_tsc unfair_spinlock pni cx16 x2apic popcnt hypervisor lahf_lm extapic cr8_legacy abm sse4a misalignsse 3dnowprefetch osvw bogomips : 5200.29 TLB size : 1024 4K pages clflush size : 64 cache_alignment : 64 address sizes : 40 bits physical, 48 bits virtual power management:

 

修改Makefile.rul （注：对Makefile.rul修改，用户可以更加针对自己的硬件平台进行安装，因此效率会高很多。

所有架构、编译器的选择，多线程的设置等都是修改这个文件。）

 

# #  Beginning of user configuration # # This library's version VERSION = 1.13 # You can specify the target architecture, otherwise it's # automatically detected. # TARGET = PENRYN # If you want to support multiple architecture in one binary # DYNAMIC_ARCH = 1 # C compiler including binary type(32bit / 64bit). Default is gcc. # Don't use Intel Compiler or PGI, it won't generate right codes as I expect.   CC = gcc # Fortran compiler. Default is g77. # FC = gfortran # Even you can specify cross compiler # CC = x86_64-w64-mingw32-gcc # FC = x86_64-w64-mingw32-gfortran # If you need 32bit binary, define BINARY=32, otherwise define BINARY=64  BINARY=64 # About threaded BLAS. It will be automatically detected if you don't # specify it. # For force setting for single threaded, specify USE_THREAD = 0 # For force setting for multi  threaded, specify USE_THREAD = 1  USE_THREAD = 1 # If you're going to use this library with OpenMP, please comment it in.  USE_OPENMP = 1 # You can define maximum number of threads. Basically it should be # less than actual number of cores. If you don't specify one, it's # automatically detected by the the script. # NUM_THREADS = 24 # If you don't need CBLAS interface, please comment it in. # NO_CBLAS = 1 # If you want to use legacy threaded Level 3 implementation. # USE_SIMPLE_THREADED_LEVEL3 = 1 # If you want to drive whole 64bit region by BLAS. Not all Fortran # compiler supports this. It's safe to keep comment it out if you # are not sure(equivalent to "-i8" option). # INTERFACE64 = 1 # Unfortunately most of kernel won't give us high quality buffer. # BLAS tries to find the best region before entering main function, # but it will consume time. If you don't like it, you can disable one. # NO_WARMUP = 1 # If you want to disable CPU/Memory affinity on Linux. # NO_AFFINITY = 1 # If you would like to know minute performance report of GotoBLAS. # FUNCTION_PROFILE = 1 # Support for IEEE quad precision(it's *real* REAL*16)( under testing) # QUAD_PRECISION = 1 # Theads are still working for a while after finishing BLAS operation # to reduce thread activate/deactivate overhead. You can determine # time out to improve performance. This number should be from 4 to 30 # which corresponds to (1 << n) cycles. For example, if you set to 26, # thread will be running for (1 << 26) cycles(about 25ms on 3.0GHz # system). Also you can control this mumber by GOTO_THREAD_TIMEOUT # CCOMMON_OPT   += -DTHREAD_TIMEOUT=26 # Using special device driver for mapping physically contigous memory # to the user space. If bigphysarea is enabled, it will use it. # DEVICEDRIVER_ALLOCATION = 1 # If you need to synchronize FP CSR between threads (for x86/x86_64 only). # CONSISTENT_FPCSR = 1 # If you need santy check by comparing reference BLAS. It'll be very # slow (Not implemented yet). # SANITY_CHECK = 1 # Common Optimization Flag; -O2 is enough. COMMON_OPT += -O2 # Profiling flags COMMON_PROF = -pg # #  End of user configuration #

 

执行make , 成功之后会显示：

 

GotoBLAS build complete.   OS               ... Linux                Architecture     ... x86_64                  BINARY           ... 64bit                    C compiler       ... GCC  (command line : gcc)   Fortran compiler ... G77  (command line : g77)   Library Name     ... libgoto2_barcelona-r1.13.a (Single threaded)

 

在gotoblas2的目录下多出几个文件：这两个文件就是我们后面用到的库文件。

 

lrwxrwxrwx  1 root root      23 Mar 28 22:14 libgoto2.a -> libgoto2_athlon-r1.13.a -rw-r--r--  1 root root 5235402 Mar 28 22:18 libgoto2_athlon-r1.13.a -rwxr-xr-x  1 root root 2503038 Mar 28 22:18 libgoto2_athlon-r1.13.so lrwxrwxrwx  1 root root      24 Mar 28 22:18 libgoto2.so -> libgoto2_athlon-r1.13.so

 

2> mpi运行环境的安装

   省略。

 

3>HPL的安装

   1. 从setup里面，复制出来符合自己系统的Make文件，这里我的是AMD的，我复制出

      来的是Make.Linux_ATHLON_CBLAS,如果你是Intel的应该复制Make.Linux_PII_CBLAS

          到上一级目录。

   2. 修改该Make.Linux_ATHLON_CBLAS文件

# # ---------------------------------------------------------------------- # - HPL Directory Structure / HPL library ------------------------------ # ---------------------------------------------------------------------- # TOPdir       = /home/houqd/hpl-2.1    # hpl的目录 INCdir       = $(TOPdir)/include BINdir       = $(TOPdir)/bin/$(ARCH) LIBdir       = $(TOPdir)/lib/$(ARCH) # HPLlib       = $(LIBdir)/libhpl.a # ---------------------------------------------------------------------- # - MPI directories - library ------------------------------------------ # ---------------------------------------------------------------------- # MPinc tells the  C  compiler where to find the Message Passing library # header files,  MPlib  is defined  to be the name of  the library to be # used. The variable MPdir is only used for defining MPinc and MPlib. # MPdir        = /home/houqd/mpich2.1.5   # mpi的路径 MPinc        = -I$(MPdir)/src/include MPlib        = $(MPdir)/lib/.libs/libmpich.a  # 这个需要注意一下，安装完mpi的目录需要看一下，可能会有些不同 # # ---------------------------------------------------------------------- # - Linear Algebra library (BLAS or VSIPL) ----------------------------- # ---------------------------------------------------------------------- # LAinc tells the  C  compiler where to find the Linear Algebra  library # header files,  LAlib  is defined  to be the name of  the library to be # used. The variable LAdir is only used for defining LAinc and LAlib. # LAdir        = /home/houqd/gotoblas2    # gotoblas2的安装目录 LAinc        = LAlib        = $(LAdir)/libgoto2.a $(LAdir)/libgoto2.so # # ---------------------------------------------------------------------- # - Compilers / linkers - Optimization flags --------------------------- # ---------------------------------------------------------------------- # CC           = /usr/local/bin/mpicc   # mpicc的路径 CCNOOPT      = $(HPL_DEFS) CCFLAGS      = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops -W -Wall # LINKER       = /usr/local/bin/mpicc LINKFLAGS    = $(CCFLAGS)

   

3. 执行make arch=Linux_ATHLON_CBLAS

完成后在bin目录的Linux_ATHLON_CBLAS下面将产生测试文件
HPL.dat和xhpl
在lib目录的Linux_ATHLON_CBLAS下面将产生库文件
libhpl.a     完成后显示：

 

T/V                N    NB     P     Q               Time                 Gflops -------------------------------------------------------------------------------- WR00R2R4          35     4     4     1               0.61              5.008e-05 HPL_pdgesv() start time Thu Mar 28 20:47:20 2013 HPL_pdgesv() end time   Thu Mar 28 20:47:21 2013 -------------------------------------------------------------------------------- ||Ax-b||_oo/(eps*(||A||_oo*||x||_oo+||b||_oo)*N)=        0.0164438 ...... PASSED ================================================================================ Finished    864 tests with the following results:             864 tests completed and passed residual checks,               0 tests completed and failed residual checks,               0 tests skipped because of illegal input values. --------------------------------------------------------------------------------

 

 mpirun -np 4 ./xhpl

 

当编译MPI程序并且编译通过，但是执行时报错  [root@Master Linux_ATHLON_CBLAS]# mpirun -np 4 xhpl  [proxy:0:[email protected]] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file xhpl (No such file or directory) [proxy:0:[email protected]] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file xhpl (No such file or directory) [proxy:0:[email protected]] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file xhpl (No such file or directory) [proxy:0:[email protected]] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file xhpl (No such file or directory) =================================================================================== =   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES =   EXIT CODE: 255 =   CLEANING UP REMAINING PROCESSES =   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== 此时很可能是由于执行程序时没有使用绝对路径。  只要使用绝对路径执行程序即可，如下：  $mpicc -o cpi cpi.c  $mpirun -np 4 ./cpi（一定要加“./”）

An explanation of the input/output parameters follows: T/V    : Wall time / encoded variant. N      : The order of the coefficient matrix A. NB     : The partitioning blocking factor. P      : The number of process rows. Q      : The number of process columns. Time   : Time in seconds to solve the linear system. Gflops : Rate of execution for solving the linear system. The following parameter values will be used: N      :      29       30       34       35  NB     :       1        2        3        4  PMAP   : Row-major process mapping P      :       2        1        4  Q      :       2        4        1  PFACT  :    Left    Crout    Right  NBMIN  :       2        4  NDIV   :       2  RFACT  :    Left    Crout    Right  BCAST  :   1ring  DEPTH  :       0  SWAP   : Mix (threshold = 64) L1     : transposed form U      : transposed form EQUIL  : yes ALIGN  : 8 double precision words