Ubuntu14.04下基于MPICH2框架的集群搭建

1.所有计算机安装Ubuntu14.04系统，单双系统无所谓。

2.计算机的命名要有所区别。

3.每台计算机的用户名要相同，这点十分重要，否则配置ssh的时候会出现问题。

4.为每台计算机配置静态ip：

         sudo gedit/etc/network/interfaces

在文件中加入下列信息

address 172.16.71.147#（IP地址）

netmask 255.255.255.0#（子网掩码）

gateway 172.16.71.1#（网关）

network 172.16.71.0#（可不配）

broadcast 172.16.71.255#（广播地址，可不配）

dns-nameservers202.195.224.100#（DNS服务器）

5.配置DNS服务器地址

         sudo gedit/etc/resolv.conf

         添加：nameserver202.195.224.100#（DNS服务器）

         sudo/etc/resolvconf/resolv.conf.d/base

         添加：nameserver202.195.224.100#（DNS服务器）

6.配置用户节点

         sudo gedit/etc/hosts

         将所有计算机的IP地址和计算机（节点）名称匹配

         127.0.0.1  localhost.localdomain localhost

#将第一行修改成这样，否则之后运行程序时会出现问题

172.16.71.123   lxy

172.16.71.147   wjq

7.配置NFS文件系统

         （1）选定一台主机，其他计算机为子节点

         （2）所有计算机安装NFS文件系统

                            sudoapt-get install nfs-kernel-server nfs-common

         （3）安装完成后在每台计算机的根目录下新建一个文件夹mirror，此为共享文件夹

                            sudomkdir /mirror

         （4）刚创建的文件夹的用户和组为root，将之改为之前设定的用户,以lxy为例

                            sudochown lxy:lxy /mirror

         （5）对主机的NFS进行配置

                            sudogedit /etc/exports:

                            将所

         （6）对所有子节点，需要自动挂载到主节点的/mirro目录

                            sudogedit /etc/fstab

                            添加下列信息：

                            主节点名:/mirror /mirrornfs rw,async,auto,exec,nouser,suid 0   0

         （7）在主机上执行下列命令，将/mirror文件夹共享给各个节点

                            sudomount 主节点名:/mirror/ /mirror/ （注意空格）

8.配置SSH服务

         （1）所有计算机节点安装SSH服务：

                            sudoatp-get install ssh

         （2）配置SSH无密码通信，分别在各个节点生成公匙和私匙

                            ssh-keygen–t rsa

                            一路回车，会在HOME（主文件夹）路径下产生一个.ssh文件

                            其中“.“表示隐藏文件/文件夹，Control+H可显示

生成的id_rsa.pub为公匙，将各节点的公匙交换，存入authorized_keys中（一个节点authorized_keys中要包含其他所有节点的公匙）

         （3）关闭防火墙

                            sudoufw disable

9.安装MPICH2

         （1）安装GCC

                            sudoapt-get install build-essential autoconf automake

（2）在NFS文件系统的主节点的/mirror中安装MPICH2

                            下载MPICH2，下载地址 http://www.mpich.org/static/downloads/

本文采用MPICH2-3.0.1，因为新版本剔除了mpd服务，替换为hydra，如需要，可自行百度配置方式

         （3）在/mirror下新建文件夹mpich2，将下载的文件解压到该文件夹中

         （4）cd进入文件夹，进行安装操作

                            ./configure--prefix=/mirror/mpich2 --with-pm=mpd:hydra

                            make

                            sudomake install

10.安装GSL（NFS文件系统主节点）（本文测试程序需要用到GSL）

         （1）下载GSL

下载地址：http://ftp.club.cc.cmu.edu/pub/gnu/gsl/

本文下载为gsl-1.16

         （2）同MPICH2一样，将GSL安装至/mirror/gsl-1.16，方式同上，这里不做赘述

11.配置环境变量（所有节点）

         （1）sudo gedit/etc/profile

                            添加：exportMV2_MPD_RECVTIMEOUT_MULTIPLIER=0.07

（2）gedit ~/.bashrc

                   添加：

                            #mpi

exportPATH=/mirror/mpich2/bin:$PATH

export PATH

LD_LIBRARY_PATH="/mirror/mpich2/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

exportLD_LIBRARY_PATH

 

#gsl

exportPATH=$PATH:/mirror/gsl-1.16/bin

exportC_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:/mirror/gsl-1.16/include

exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/mirror/gsl-1.16/lib

exportGSL_LD=/mirror/gsl-1.16/lib

（3）修该mpiexec.py文件，若按之前配置，该文件位于/mirror/mpich2/bin中

                   gedit /mirro/mpich2/bin/mpiexec.py

查找到'MPIEXEC_RECV_TIMEOUT'       :  20

将 20 修改为 50 或更高

注：6中对127.0.0.1 localhost的修改，以及本步中的（1）（3）是为了避免程序运行时No msg recvd from mpd whenexpecting ack of request错误的出现

12.配置mpd（所有节点）

         （1）gedit ~/mpd.hosts

                            添加所有节点名

         （2）gedit ~/.mpd.conf

                            添加：secretword=

            (3) chmod 600 .mpd.conf

13.所有配置完成，重启计算机即可进行测试。