poj3691 DNA repair dp AC自动机

poj3691 DNA repair
题意:求母串最少改变几个字母是母串的子串不含有匹配串。
题解:实在没有力气 并没有理解呜呜呜
贴一个我认为不错的吧
http://blog.csdn.net/wugj03/article/details/6763145

#include<iostream>
#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<queue>
using namespace std;
const int N=1005;
const int inf=1<<30;
int fail[N],ch[N][5],val[N],dp[N][N],n,sz,num;
queue<int>q;
char ss[N];
void init(){
    sz=0;
    memset(fail,0,sizeof(fail));
    memset(ch,0,sizeof(ch));
    memset(val,0,sizeof(val));
    for(int i=0;i<N;i++)
        fill(dp[i],dp[i]+N,inf);
}
int idx(char c){
    if(c=='A') return 1;
    if(c=='G') return 2;
    if(c=='C') return 3;
    if(c=='T') return 4;
}
void insert(char* s){
    int r=0;
    for(int i=0;s[i];i++){
        int c=idx(s[i]);
        if(!ch[r][c]) ch[r][c]=++sz;
        r=ch[r][c];
    }
    val[r]=1;
}
void getfail(){
    for(int i=1;i<=4;i++)
        if(ch[0][i]) q.push(ch[0][i]);
    while(!q.empty()){
        int r=q.front();q.pop();
        for(int i=1;i<=4;i++){
            int u=ch[r][i];
            if(!u) {ch[r][i]=ch[fail[r]][i];continue;}
            q.push(u);
            int v=fail[r];
            while(v && !ch[v][i]) v=fail[v];
            fail[u]=ch[v][i];
            if(!val[u]) val[u]=val[fail[u]];
        }
    }
    //for(int i=0;i<=3;i++)
        //{printf("**");for(int j=0;j<=3;j++) printf("%d ",ch[i][j]);printf("\n");}
}
void DP(){
    //for(int i=1;i<=sz;i++) printf("%d\n",fail[i]);
    //dp[i][j]表示ss前i个字符匹配到j号节点最少改动几次 
    //for(int i=0;i<N;i++) dp[i][0]=0;
    int len=strlen(ss+1);
    dp[0][0]=0;
    for(int i=1;ss[i];i++)
        for(int j=0;j<=sz;j++)
            for(int k=1;k<=4;k++){
                int son=ch[j][k];
                if(!val[son]){
                    dp[i][son]=min(dp[i][son],dp[i-1][j]+(idx(ss[i])!=k));
                    //printf("%d %d %d\n",i,son,dp[i][son]);
                }
            }
    int ans=inf;
    /*for(int i=0;i<=len;i++){ for(int j=0;j<=sz;j++) printf("%d ",dp[i][j]); printf("\n"); }*/
    for(int i=0;i<=sz;i++)
        ans=min(ans,dp[len][i]);
    if(ans>1000) ans=-1;
    printf("Case %d: %d\n",++num,ans);
}
int main(){
    freopen("in.txt","r",stdin);
    freopen("out.txt","w",stdout);
    while(1){
        scanf("%d",&n);
        if(n==0) break;
        init();
        for(int i=1;i<=n;i++){
            char s[100];
            scanf("%s",s);
            insert(s);
        }
        getfail();
        scanf("%s",ss+1);
        DP();
    }
    return 0;
}