医学图像处理开源软件

通用:

VTK

        VTK （the visualization toolkit）是一款免费开源的用于三维计算机图形学、图像处理以及可视化的软件包。包含了C++类库并且提供对Tcl/Tk, Java 和Python等解释性语言的支持.

ITK

        ITK是一个开源、跨平台的，提供了大量的图像处理功能的软件工具。可用于多维图像的分割与配准。

FSL

        FSL是一个用于分析fMRI，MRI和DTI大脑成像数据的综合软件库。

SPM

        SPM（statistical parametric mapping) 指的是建立和评估统计处理方法，用于对功能影像数据的假设检验。SPM软件包已用于分析大脑图像序列。这些序列可以是来自不同群体的数据，或者是同一个个体的不同时间序列的数据。目前可用于分析fMRI, PET, SPECT,EEG和MEG。

GIMIAS

        GIMIAS是一个面向工作流的图像处理环境，用于解决高级图像计算以及个体化的模拟问题。可通过添加解决特定问题的插件而进行扩展。此外，GIMIAS提供开源框架，可有效开发研究和临床软件原型，也可用于商业软件开发。提供的功能包括手动和自动分割，可视化，网格编辑和电子机械及流体力学模拟等。

3D Slicer

        3D Slicer是一个免费、开源软件包，用于可视化及图像分析。可在多个平台上使用，包括Windows, Linux 和Mac Os X。

MIA

        MIA是一个用C++写的通用图像处理工具，主要针对2D和3D灰阶医学图像分析。使用插件结构，可以很容易添加新的功能。使用测试驱动（test-driven)开发，以保证实现的稳定性，并且提供命令行工具。

分割：

NiftySeg

        NiftySeg实现了基于期望值最大化的对Nifti图像的分割。另外也实现了许多标记融合（label fusion）算法，如MV，STAPLE，SBA等。

配准：

NiftyReg

        NiftyReg实现了对nifti图像的刚体、仿射和非线性配准方法。支持GPU（使用CUDA）的实现。是一个基于命令行的工具包。

elastix

        elastix是基于ITK的开源软件。包含了处理医学图像配准的常用算法。elastix的模块化设计允许用户快速地针对一个特定的应用配置、测试和比较不同的配置方法。用命令行接口可以通过脚本自动处理大量的数据。

ANTS

        ANTS为研究者提供了高级的工具用于大脑图像配准映射。ANTS的许多配准恐惧都是微分同胚的（diffeomorphic）,但也可以使用elastic 和 Bspline等形变变换。 ANTS中的模块包括多种相似度测量，标记点引导，使用标记图像引导配准映射，对微分同胚映射的贪心法及时空最优化实现。

可视化

ITK-Snap

        ITK-SNAP可用于对三维图像的交互式分割方法，其实现是基于活动轮廓模型的，也支持手动分割。提供了可视化功能。

MITK

        MITK（medical imaging interaction tookkit）是用于开发交互式图像处理软件的开源系统。MITK结合了VTK和ITK，此外它结合了一些与开发交互式图像处理相关的特性，这些是ITK与VTK所未包含的。

重建：

NiftyRec

        NiftyRec提供了断层图像重建的代码，基于c，也支持python, matlab接口。对于计算量大的函数，其提供了基于CUDA的GPU加速方法。

模拟：

NiftySim

        NifySim是一个高性能非线性有限元求解工具。一个重要特性是允许GPU计算。

弥散MRI:

Camino

        Camino是一个面向对象的软件工具包，用于弥散MRI数据的分析和重建、纤维束重建等。

DTI-TK

        DTI-TK是一个实现空间归一化和建立图谱（atlas）的工具，支持对DTI图像的操作，特别注重数据的张量属性。实现了目前最先进的配准算法，通过每个像素的纤维束方向匹配完成后对白质纤维的对齐。