Redhat 5.6中 Amber12的安装

               今天下午弄了将近5个小时，终于把AMBER12给装上了. 一开始用GNU编译了好几次，总是出现错误，原因可能是ifortran的错误，但始终没有解决，最终不得不选择用intel编译的方法。 最终总算把问题解决了。

         现将安装的过程总结如下：

1. 安装intel编译器（intel官网下载）。我装的版本是l_ccompxe_intel64_2011.9.293，l_fcompxe_intel64_2011.9.293，l_mkl_10.3.7.256_intel64，l_mpi_p_4.0.3.008。安装方法google一下，比较简单，直接./install.sh，按照提示一步一步来就可以了。安装完成之后，要在emacs ～/.bashrc中添加如下：
export /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/iccvars.sh intel64
export /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ifortvars.sh intel64
export /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
export /opt/intel/impi/4.0.3.008/bin64/mpivars.sh
保存。然后source ~/.bashrc。终端中输入which icc和which ifort，输出的路径正确算是安装成功。

2 sudo yum install gcc flex tcsh zlib-devel bzip2-devel  libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel

3.解压ambertools12和amber12：
cd /home/zheng/softwares/amber
tar xfj AmberTools12.tar.bz2
tar xfj Amber12.tar.bz2

 

4. 设置环境变量：
export AMBERHOME=/home/zheng/softwares/amber/amber12
export MKL_HOME=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl
export MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.0.3.008/intel64
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
保存。source ~/.bashrc

5.打补丁：
$AMBERHOME/patch_amber.py --update-tree

6. 安装串行版amber12：
./configure intel
make install
make test

7. 安装并行版amber12：
不需要make clean
./configure -mpi intel
直接make install会出错。打开config.h,把里面所有的mpif90都改成mpiifort，所有的mpicc都改成mpiicc，保存。然后再make install
export DO_PARALLEL="mpirun -np 2"
make test