利用并行的方法计算自由能

利用Amber中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。

在计算的过程中，需要为每一个进程（线程）分配相同数目的贞数据，当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。

首先要准备并行过程中的输入文件mmpbsa.in,这个文件的生成过程可以参考Amber手册中的MMPBSA这一章节中所讲的。

具体的并行过程中的执行命令如下：

mpirun -np 4 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat  -sp ras-raf_solvated.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd > progress.log a2>&1

在FINAL_RESULITS_MMPBSA.dat文件中，各个字段的含义分别为：

VDWAALS：范德华能量的贡献

EEL：静电能量的贡献

EPB/EGB：通过PB或者是GB方法计算的静电对于自由能的贡献。

ECAVITY: 通过静电模型计算的非极性的作用对于溶解自由能的贡献。

DELTA G binding: 通过上面的数据所得到的最终的估计的溶解自由能。

利用nmode模块计算熵的贡献：

使用Normal Mode分析方法来计算结合熵

计算熵的变化同样也需要准备mmpbsa.in文件

输入命令如下：

mpirun -np 4 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat  -sp ras-raf_solvated.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd > progress.log a2>&1