ParMETIS 安装与使用

本机环境：

(1) Ubuntu 12.04.3   (2) 64位 (3) 已安装 libopenmpi-dev和openmpi-bin

本人QQ530422429，欢迎大家交流、指导。

安装步骤如下：

   1. 在官网下载Parmetis，此处下载的是 parmetis-4.0.3.tar.gz

下载地址： http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/parmetis/parmetis-4.0.3.tar.gz

   2.  解压，得到 parmetis-4.0.3文件夹，存放路径：/home/gougou/GraphPartition/。命令如下：

gunzip parmetis-4.0.3.tar.gz

tar -xvf parmetis-4.0.3.tar

   3. 进入 parmetis-4.0.3 目录，由于本机是64位，故要修改metis/include/metis.h 文件，

       把 IDXTYPEWIDTH  的值修改为 64。

 #define IDXTYPEWIDTH 64  （默认是32，修改为64）

   4. 安装此软件需要 GNU make and CMake 2.8 ，因此需要安装 CMake。安装CMake前需要安装g++。

$ sudo apt-get install g++

$ sudo apt-get install cmake

   5. 进行build。

$ make config

    6. 编译

$ make

    7. 安装,成功后如下图所示。

$ sudo make install

注：执行上述命令务必使用sudo，否则会报如下错误。

    7. 默认的安装目录在 /usr/local下，进入 /usr/local/bin，命令 $ ls后，结果如下：

    8. 添加环境变量 （默认PATH中已有/usr/local/bin，用echo $PATH 查看，确认后跳过此步骤）：

$ vi /etc/profile 

export PATH=$PATH:/usr/local/bin 

使用步骤如下：

    1.  查看parmetis命令的用法，如下：

分析和实验知：<graph-file>为输入文件，邻接表形式存储，具体可参考metis的输入格式要求。

nparts为分区的数目；dbglvl为debug的级别，不同级别会显示不同的输出信息；seed的大小会影响分区效果。

其他参数未知，欢迎大家在博客下面留言指导！

      2. 单机上运行parmetis命令，由于parmetis是根据mpi进行并行图划分，故命令应如下：

mpiexec -n 2 parmetis /home/gougou/GraphPartition/parmetis-4.0.3/Graphs/rotor.graph 1 6 1 1 6 1

输入文件为自带的parmetis-4.0.3/Graphs/rotor.graph，划分为6个分区，dbglvl设为6（输入的信息较多），

其他的都设为1。运行结果如下图，会在parmetis-4.0.3/Graphs文件夹下生成 rotor.graph.part文件，里面是每个顶点所属的

分区id（0-5）。

从上图，可明显看出Coarsening Phase与Uncoarsening Phase。

    3. 分布式环境下进行并行图划分。

实验环境：两台服务器test150和test151，两台机器上的mpi已经配置好。

新建machines文件，内容如下：

并行运行parmetis的命令如下：

mpiexec -n 2 --hostfile machines parmetis /home/gougou/GraphPartition/parmetis-4.0.3/Graphs/rotor.graph 1 6 1 1 6 1

    完！