kraken2

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond
CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

Kraken2安装与数据库构建2022-01-02

Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。
土雕艺术家·2023-11-23 08:28

kraken2 微生物物种分类

kraken是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代kraken2了。kraken2对比kraken重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。
BeeBee生信·2023-08-24 07:35

Python学习记录—— 绘制百分比堆积柱状图

需求：对kraken2比对报告进行统计后，取top10结果，然后绘制物种分类的百分比堆积柱状图输入文件：species1species2speciesnsample1125sample2236sample3347importpandasaspdimportmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnptable
我的飞鸿踏雪泥·2023-01-19 21:40

Kraken2+Bracken

1.简介Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。
生信记·2021-09-02 15:08

如何构建kraken2个性化数据库

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？
谷流觞·2021-02-04 10:19

病原微生物笔记-Taxonomy 分类流程解决⽅方案

Taxonomy分类流程解决⽅方案1.使⽤用Kraken2对其中的微⽣生物进⾏行行物种注释.Kraken2是⼀一个基于k-mer算法的⾼高精度宏基因组序列列分类软件，能够快速的将测序reads进⾏行行物种分类
XuningFan·2021-01-19 00:56
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