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WGDI之深入理解blockinfo输出结果

blockinfo模块输出文件以csv格式进行存放，共23列，可以用EXCEL直接打开。blockinfo其中16列非常容易裂解，描述如下id即共线性的结果的唯一标识chr1,start1,end1即参考基因组（点图的左边）的共线性范围（对应GFF1的位置）chr2,start2,end2即参考基因组（点图的上边）的共线性范围（对应GFF2的位置)pvalue即共线性结果评估，常常认为小于0.01
xuzhougeng·2023-10-20 09:46

【比较基因组】共线性分析（WGDI）

如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中,是物种进化的重要动力。所以在基因组相关的paper中，经常可以看到不同物种之间共线性分析的结果，来发现一些不同物种之间保守的区域，以及一些重要的功能基因。做共线性分析的软件有很多，以前做genome
jjjscuedu·2023-10-05 06:11

【比较基因组】共线性分析（MCscanX）

前面介绍了WGDI，今天分享另一个工具MCscanX。
jjjscuedu·2023-08-02 04:34

使用jcvi绘制微共线性(Microsynteny)

这篇文章更多是记录性质的，因为没有详细说明如何从WGDI,MCScan,MCscanX中获取基因对，也没介绍如何整理出记录基因坐标的bed文件，因此如果阅读此文的您看不懂，是我写的问题，不是您的原因。
xuzhougeng·2023-07-22 23:42

如何用WGDI进行共线性分析(中)

Ks可视化我们在上一篇如何用WGDI进行共线性分析(一)得到共线性分析结果和Ks值输出结果的整合表格文件后，我们就可以绘制Ks点阵图和Ks频率分布图对共线性区的Ks进行探索性分析，从而确定可能的Ks峰值
xuzhougeng·2023-04-01 22:23

算法文献阅读3：WGDI（BioRxiv版）

WGDI这个最新的共线性算法软件到现在还没有正式发表，只能在网上搜到BioRxiv版，根据笔者的初步了解，似乎是一个不需要经过同行评审的期刊。所以，现在的WGDI是预印本。
龙star180·2023-03-30 02:26

WGDI安装和使用

安装|比较基因组系列之一-WGDI软件安装与配置安装教程如上数据预处理数据的预处理是用时最长的步骤原始输入文件要求基因组mRNA位置信息.gff。
徒唤奈何_c5f0·2023-03-29 11:42

如何用WGDI进行共线性分析(下)

在上一篇教程的最后，我写道「我们能够更加直观的观察到2个peak，基本确定2个多倍化事件」。这里就引出了一个问题，为什么我们可以根据peak来推断多倍化时间？在Lynch和Conery在2000年发表在Science的论文中，他们证明了小规模基因复制的Ks分布是L型，而在L型分布背景上叠加的峰则是来自于演化历史中某个突然的大规模复制事件。例如下图a中，实线是小规模复制的L型分布（呈指数分布,exp
xuzhougeng·2023-03-14 10:24

如何用WGDI进行共线性分析(上)

多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中,是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。例如拟南芥经历了3次古多倍化，包括2次二倍化，一次3倍化(Tang.et.al2008Science)...Forexample,Arabidopsisthaliana(thale
xuzhougeng·2021-02-01 14:37

WGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！

写在前面Emmm，前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的WGDI软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息，大体意思“快更新！”。原本，我和小王子商量的是一周一更。
生信石头·2020-11-22 21:12
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