Talairach空间、MNI空间、Native空间、Stereotaxic空间

Talairach空间、MNI空间、Native空间、Stereotaxic空间 

　　Native空间就是原始空间。

       图像没有做任何变换时就是在原始空间。在这个空间中图像的维度、原点、voxel size等都是不同的，不同被试的图像之间不具有可比性，计算出来的任何特征都不能进行统计分析，或是用于机器学习。所以必须对所有被试的图像进行配准标准化到同一个模板上，这样所有被试的维度、原点、voxel size就一样了。

       使用MNI标准模板，就表示把图像转换至MNI空间了。一般而言MNI模板是最常用的，研究的比较多。标准空间的图像也是指MNI空间的图像。

       Talairach空间和MNI空间的坐标有对应的关系，很多软件都提供这个功能，如Mricron、REST等。

       Talairach空间只要是为了判别当前坐标在什么结构上，注意Talairach atlas and Talairach coordinates 就是Stereotaxic space.

 

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MNI坐标和Talairach坐标进行转换

MNI2tal

Alternatively, you can download the appropriate Matlab file:

• icbm_spm2tal.m
• icbm_fsl2tal.m
• icbm_other2tal.m
• tal2icbm_spm.m
• tal2icbm_fsl.m
• tal2icbm_other.m

另有一个程序可以考虑：
Talairach Client - Version 2.4.2使用Matlab读取MASK、ROI坐标的时候，图像的起始原点是以1开始。
譬如Talairach atlas 维度是141，172，110：
MRIcroN读图的时候有两个坐标，左下角的是Native Space坐标，左上角的是图像坐标，
左上角 = 左下角+[71，103，43]

偏移值与图像的维度密切相关。
http://brainmap.org/icbm2tal/
http://www.talairach.org/