踩坑笔记之环境配置——Ubuntu16.04、caffe、pytorch、tensorflow、keras、anaconda、opencv3、matlab

（新版CSDN没了markdown还有点儿难用不是很习惯。。排版很差将就看啦哈哈哈哈）

强调一下&让自己记住踩过的屎坑~

 

 

• 刷机搭框架遇到问题——sudo下安装

 

• caffe编译出了问题——sudo su进入管理者再安装

例如：error:could not find/open output/input file :  .build_release/..........诸如此类

 

另外，在运行caffe相关前需要到安装根目录下编译caffe，依次输入以下指令：

sudo su
make all -j4
make test -j4
make runtest
make pycaffe

 

 

 

• make pycaffe报错

     如果在编译make pycaffe这一句报错，显示：

 

make：nothing to be done for ‘pycaffe’

     先尝试：

$ sudo apt-get install python-numpy

     再make pycaffe，如果还是报错：fatal error：numpy/arrayobject.h: No such file or directory compilation terminated.

     但是在上一步已经有输入：

$ sudo apt-get install python-numpy

 

     应当已经下载了python-numpy的包，怀疑是环境变量的问题，在jupyter下输入：

import numpy as py
np.get_include()

 

    得到如下结果：（以及与caffe-master下查看Makefile.config）   

    注意，Makefile.config需要用权限才能修改，在Terminal中进入sudo界面，打开Makefile.config所在位置，依次输入：

 

cp Makefile.config.example Makefile.config
gedit Makefile.config 

     把PYTHON_INCLUDE那一句按照jupyter输出加上local/就可以保存啦。

 

    然后。。。（我也是很崩溃啊）make pycaffe报了新的错误（微笑脸），显示cannot find -lhdf5_hl/cannot find -lhdf5：

     解决办法还是回到刚才的Makefile.config，找到：

 

# Whatever else you find you need goes here.下面的
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib

     将上面这两句修改为：

 

 

INCLUDE_DIRS :=  $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
//这是因为ubuntu16.04的文件包含位置发生了变化，尤其是需要用到的hdf5的位置，所以需要更改这一路径

    好的~至此可以顺利的make pycaffe啦~

 

   当然天真的我以为可以在python中import caffe了，然鹅啊，程序员的世界是没有这么简单的！！接下来进入下一节

 （啊啊啊啊啊这个工作站预装的还不如以前自己装啊好多坑啊哭唧唧T T，好多依赖库也不知道装没装）

 

 

 

• 安装编译好了caffe，但是无法在python中import

    ImportError：/opt/anaconda2/bin/../lib/libstdc++.so.6: version 'GLIBCXX_3.4.21' not found (requires by /home/caffe-master/python/caffe/_caffe.so)

 

    接着上面的来，现在报错提示为：

     用代码查看工作站内GLIBCXX的版本：

 

     （这个地方还有一个小坑坑是libstdc++手动查看的时候只是在/usr/lib/libstdc++.so.6下，但是运行会报错没有这个文件，在此文件的properties中查看location是有x86_64-linux-gnu的，微笑脸~）

strings /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX

     可素！这不就是吗？？？瞎了我的卡姿兰狗眼

    好的。。。在我查阅论坛发现很多时候Anaconda安装都会和Caffe、python2、python3有冲突（例如用jupyter打开new file只有python2格式没有python3的格式），那就试试把anaconda删了吧。。。

    在根目录（和home并列）下找到opt文件夹，删除整个anaconda2的文件夹，但不能直接删除，在terminal下输入：

    

sudo rm -rf anaconda

     （有时候还需要注释根目录下.bashrc下包括anaconda2路径的语句：#export PATH=/home/lq/anaconda3/bin:$PATH，

再在terminal输入source ~/.bashrc使其立即生效，输入python查看是否删除干净）

 

    不吹不黑，删完之后爽的不行：之前只能在sudo下才能import torch，直接在terminal下无法import torch也直接解决了.

   

    继续开始重新编译caffe，按上一小节重头开始，输入make pycaffe还报了一次没有numpy，修改Makefile.config就好啦~

    现在试着import torch，显示

     在终端输入：（不知道为啥根目录下还有一个matplotlib的截图？不知道怎么弄的直接删了）

sudo pip install python-Matplotlib

     撒花QAQ式完毕感谢上帝：
     Anaconda和caffe真的好容易冲突5555

  

   

 

 

• 在sudo下安装了pytorch，进入sudo可以import torch，但是在jupyter导入则报错无module——ipython

     1.Step 1

 

       #python

$ sudo python -m pip install ipykernel
$ sudo python -m ipykernel install

       #python3

$ sudo python3 -m pip install jupyterhub notebook ipykernel
$ sudo python3 -m ipykernel install

     2.Step 2
     

$ sudo apt-get install build-essential

     3.Step 3

 

        #python2

$ sudo pip install jupyter
$ sudo apt-get build-dep python-matplotlib python-tk

        #python3

$ sudo pip3 install jupyter
$ sudo apt-get build-dep python3-matplotlib python3-tk

     4.Test

$ mkdir tf-notebooks
$ cd tf-notebooks
$ jupyter notebook

 

• Ubuntu16.04下安装opencv

   贴上教程地址：http://blog.csdn.net/yehuohan/article/details/51327465

安装opencv2：

pip install opencv-python

 

 

 

• 显卡崩溃重新安装驱动

   在开启工作站的时候有时候出现开机界面分辨率异常，则是显卡出现崩溃，重装显卡驱动：

   1、Ctrl+Alt+F1进入terminal界面

   2、输入用户名与密码，依次输入：

   

sudo service lightdm stop / sudo stop lightdm   #重启lightdm
sudo init 3   #进入Ubuntu开机图片的terminal界面

   3、安装驱动程序，进入/home/lthpc/software，找到驱动文件所在地址，输入：

   

sudo ./NVIDIA-Linux-x86_64-384.98.run

   4、sudo reboot 重启

 

   5、有可能还会遇到需要exit X service的情况，如果安装驱动报错：......you appear to be running an x server plaese exit x 

before installing...... 需要找到进程前x service的ID并关闭：

ps -e | more #加上| more才可以翻页
sudo kill ID* #找到xorg对应进程ID

   再完成第3步即可。

 

 

• Ubuntu界面打开只有壁纸没有菜单栏等

  首先Ctrl+Alt+F1，输入命令行试着重启lightdm：  

sudo service lightdm restart

   还是不行的话则需要重新安装Unity，依次输入：

sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
sudo apt-get install unity

 

 

 

• 运行keras程序报错：Your CPU suppotrs instructions that this TensorFlow binary was not compiled to use：SSE4.1 SSE4.2 AVX AVX2 FMA

      stackflow上关于此问题的说明：https://stackoverflow.com/questions/47068709/your-cpu-supports-instructions-that-this-tensorflow-binary-was-not-compiled-to-u

   

      也就是需要给Tensorflow进行自定义构建，在下面这个文档中可以下载自己需要的类型的whl文件：

       https://translate.googleusercontent.com/translate_c?depth=1&hl=zh-CN&prev=search&rurl=translate.google.com.hk&sl=en&sp=nmt4&u=https://github.com/lakshayg/tensorflow-build&usg=ALkJrhizkozMagIs6hLEU-w2hLIUDM-ebQ

 

       下载完毕后将此文件放入/tmp下，cd tmp，输入以下指令：

 

sudo pip install tensorflow-1.4.0-cp27-cp27mu-linux_x86_64.whl

     再次运行时则不会报错了。

 

• Ubuntu16.04下安装Matlab R2016b

     此链接写得很完整：http://blog.csdn.net/jesse_mx/article/details/53956358

     按上面链接的步骤安装完毕后需要退出挂载并且删除文件，在Terminal下输入：

 

sudo umount /home//matlab
sudo umount sudo umount /home//matlab  #因为挂载了两个文件
sudo rm -r /home//matlab

 

     另外，激活以后发现只能在安装目录/bin输入.matlab才能打开matlab，配置环境变量的软链接，在根目录下输入：

sudo gedit .bashrc

     在.bashrc文件最后export加入matlab的path：

export PATH="/usr/local/MATLAB/R2016b/bin:$PATH"

     返回Terminal输入下面指令，使得环境变量立即更新：

source ~/.bashrc

注意：因为上面给的链接的路径写法有空格，linux无法识别，我直接把“Matlab 2016b Linux64 Crack”那个文件夹名字改为了“Crack”

如果发现激活不成功，报错：Could not complete activation because the License  File could not be written to the disk. You might not have write  permission on the License File or the folder.

由于无法sudo matlab打开matlab（输入matlab可以），需要在sudo下来激活，找到./activate_matlab.sh

cd /usr/local/MATLAB?R2016b/bin
sudo ./activate_matlab.sh

此时跳转到了激活界面，但是是用权限打开的，可以顺利加入license文件，激活成功。