R语言常用packages（常用R包）

 

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更新时间：Feb 1st，2019

 

 

        R语言由近几年随着数据挖掘、机器学习在国内兴起而大热，现在R已经发展成为一个社区语言，有者非常多的packages支持工程应用，几乎任何问题都可以在R的packages中找到解决方案，这是R优于SPSS和SAS（模块化分析）的一个强大功能。此外，对于没有编程基础的统计学和金融学领域分析人员，R语言以较易的代码任务而胜过python（需要专门训练的编程项目）。

 

       目前在CRAN和GitHub上的packages大约超过1万个。整理了一些常见学科使用频率较高的packages：

 

教育类

beginr：R初学者函数

BIFIEsurvey：教育中的调查统计工具。

lessR：可视化、描述性统计分析教学

dslabs：可用于数据科学课程和讲习班的数据集和函数可用于数据分析实践、作业和项目。

Chaos Game：混沌游戏。

childesr:实现对CHILDES（开放式亲子互动记录库）的接口

earnr：支持使用markdown等工具创建交互式的教材，进行R和R包的学习

olsrr：辅助进行普通最小二乘回归的学习和实践

rODE：内置大量函数，展示学生的一些自然状态下的表现，如常微分方程如何求解，如何更有效的构建方程等。

repurrrsive：包含R对象、JSON和XML的形式递归的列表，用于在教学中使用示例，包括调色板、GitHub库等

 

工具类

tidyxl：阅读不整洁的excel文件

stevedore：Docker客户端

RMySQL：MySQL驱动接口

pagedown：CSS格式与HTML输出

tmap：专题地图

dataPreparation：数据准备

htmlTable：Markdown/HTML标记工具

OpenImageR：图片处理工具

REKKL：在R中使用KEEL代码

smartdata：数据预处理

cdata：流体数据转换

abstractr：用于创建抽象视觉的shiny应用

kutils：项目管理工具

pkgnet：获取R包的网络表示

rsparkingling：H2O接口

geoknife：大型网格化数据集的网络处理

MazamaSpatialUtils：空间数据下载

cleanerR：缺失值处理

SQRL：与基于ODBC协议的数据库交互的接口。

crul：HTTP客户端

bitsqueezr：提供用于精确保持压缩的浮点量化算法的实现。

timeR：为代码运算计时

OpenCL：OpenCL的R调用界面

Ohmage：Ohmage2服务器的R客户端

httr：URL和http工具

httptest：http请求测试环境

pkgsearch：在CRAN中查找R包

googleAnalyticsR：谷歌分析API

AzureContainers：微软云计算工具Azure接口界面

AzureStor：Azure中数据的存储和管理

AzureVM：通过Azure实现数据科学的虚拟技术。

spatialwidget: 将空间数据转换为网页支持的JSON格式。

codetools：R代码分析工具

bookdown：使用R Markdown编写图书和技术文档。

expss：从电子表格和SPSS中读取数据、标签、函数等。

romero.gateway: OMERO接口。

surveydata：调查数据处理工具。

httpuv：提供了用于处理http和服务器端的简单套接字和协议。

多边形符号数据分析

psda：GeoJSON：GeoJSON和简单的功能，对象之间进行转换。

rvcheck：R、R包版本检查

rsppfp：R的最短路径问题

pkgdown：将用户文件制作为静态html文档

gcite：谷歌引用解析器

farver：调用颜色空间实现颜色转换

DatapackageR: 提供一个框架，支持以可重现的方式构造R数据包.

hedgehog: 允许用户根据随机生成的输入测试其程序的属性，与单元测试相比，提供了更优越的测试覆盖率.

jsonstat: 实现JSON-stat的接口，JSON-stat是一种简单、轻量级的“JSON”格式，用于数据传播.

nseval: 提供用于惰性和非标准评估的API，该API具有捕获、检查、操作和创建惰性值、“…”列表和活动调用的功能.

runner: 提供具有不同窗口大小的运行函数（窗口化、滚动、累积）和R向量的缺少处理选项.

RTest: 提供基于XML的测试框架，用于为监管环境开发的R软件包的自动化组件测试.

dataCompare：用于比较两个表格数据对象的函数, 其目的是显示差异，从而使理解差异更容易。

datastructures：提供先进的数据结构，如哈希图

catch：对多维数组进行分类和变量选择的功能

dplyr:本地数据集的常用操作

jsonlite：良好的网络API接口，适用于收集JSON数据

AWR:安装编译的Java模块

filesstrings：提供了多个工具操作字符和文件

ggraph：提供了多个函数，扩展ggplot2的可视化功能

 

经济

BCDating：商业周期和绘制工具

busdater：企业标准数据计算

riskParityPortfolio：金融投资的风险均衡投资组合的快速设计。

bayesm：市场/微观经济学贝叶斯推断

PortfolioAnalytics：投资组合分析函数库（包括投资组合优化等方法）

alphavantager ：提供了alpha vantage API，可以获取股票、物理货币和数字货     币等历史交易数据。

estudy2:实现了事件研究模型，包括收益率估计和其他经典模型。

 

音乐

chorrrds：音乐和旋提取

tabr：支持通过R代码生成乐谱

bioacoustics:录音数据分析，同时可以提取动物声音、处理常见格式声音、过滤有噪声的文件

billboard 包含了从1960年到2016年公告牌百强榜单上歌曲的数据集，包括给定年份的排名、音乐特征和歌词。

 

地理

NLMR：模拟自然地形模型

landscapemetrics：分类地图

GSIF：全球土壤信息设施

HelperMG：地球气息分析工具

filedRS: 利用Olofsson等人提出的最佳实践, 为遥感现场工作提供支持.

rayshader: 提供使用光线跟踪、球面纹理映射、朗伯反射和环境遮挡的组合的函数，以生成高程矩阵的山体阴影，包括水检测和分层功能、可编程调色板生成、内置纹理、2D和3D绘图选项等.

mapsapi：提供了谷歌地图数据接口

 

公益

PetfindR: 可以从Petfinder（北美最大的在线搜索可领养动物和动物福利组织数据库）中提取数据和交互

 

学术语义

microdemic：支持在Microsoft Academ Graph中对学术文章的程序化访问。

 

交互

mapdeck: 提供使用Mapbox GL（用于交互式地图的JavaScript库）和Deck.gl（使用WebGL可视化大型数据集的JavaScript库）绘制交互式地图的机制.

rayshader: 提供使用光线跟踪、球面纹理映射、朗伯反射和环境遮挡的组合的函数，以生成高程矩阵的山体阴影，包括水检测和分层功能、可编程调色板生成、内置纹理、2D和3D绘图选项等.

sigmajs: 提供sigma.js图形可视化库的接口访问.

GoogleVis API在R制作网页HRML，调用Google charts作图，交互式的HTML图表

Manipulate：人际互动

Rcharts：用R与javascript做交互式可视化产品

Shiny：制作嵌入网页的交互式R程序平台

Solidify：制作和发布基于R的报告

shinyalert：提供在shiny中创建美观UI的功能

 

自然语言处理

tidyxl：阅读不整洁的excel文件

pdftools：pdf格式文本处理工具

quanteda：文本数据的定量分析

languageR：语言学数据分析工具

sigr：报道中的简明、正确、统计摘要方法

lhs：拉丁超多维数据集示例及研究方法

readr：读取文本数据

CRF：条件随机场。是一种无向图模型，它的目标是寻找在条件概率最大情况下的一种组合，应用于命名实体识别、文本浅层分析等信息抽取任务等实验，实现句法语义自动标注。基于模式匹配、机器学习、支持向量机等方法。可用于复杂的最长名词短语识别、汉语词法分析研究。

tm: 文本挖掘

jiebaR：中文分词工具,本身是C++写的，具有极高的运算处理速度

Rwordseg：中文分词工具，Mac版依赖旧版本的Java，较难安装，版本更新慢，不推荐使用

chinese.misc：中文分词工具，内核基于Rwordseg

rmmseg4j：

snowball:英文词干化

lexiconPT：为情绪分析提供对葡萄牙词汇的访问

wordmatch：用于两个word文本对照

readtext:支持文本文件导入，

.csv,.tab,.json,.xml,.pdf,.docx,.xls,.xlsx

officer：在R中对PPT、Word文件导入、导出、编辑

 

在线数据API

getTBinR：获取世卫组织结核病数据

UCSCXenaTools：从UCSC Xena数据库获取数据和探索分析

congressbr：巴西联邦参议院和众议院的立法数据

taxize：网络分类信息

rdbnomics：下载DBnomics数据

rehydratoR：从Tweets中下载推文

RSmartlyIO：从Facebook和Instagram广告中下载数据

googledrive：GoogleDrive接口

streamR：Twitter Streaming API

crypto：加密货币市场数据

rnrfa：英国国家河流数据档案API

arkdb: 提供将表从关系数据库连接、导出到压缩文本文件中的功能，并将这些文本文件导入数据库，而无需将整个表放入工作内存中.

dobson：GLM书本数据

cancensus:从“CensusMapper”API获取加拿大人口普查数据和地理信息

sparkbq: 通过提供与Google BigQuery的集成来扩展sparklyr.它支持从/向BigQuery直接导入/导出，及从Google云存储中提取中间数据等功能.

sigmajs: 提供sigma.js图形可视化库的接口访问.

aws.kms: 实现AWS密钥管理服务(用于管理加密密钥的云服务)的接口.

vapour: 提供对地理空间数据抽象库GDAL的低级访问.

nsapi:Nederlandse Spoorwegen(荷兰铁路)API接口. 用户可下载当前站点的出发时间、站点列表、每个站点的旅行建议等数据.

repec: 通过RESTful API访问RePEc(经济学研究论文)

rfacebookstat: Facebook营销API借口, 允许用户多种方式加载数据.

UCSCXenaTools: 顶级基因库. 支持对USCS Xena数据中心等数据访问. 是UCSC托管等公共数据库的集合.

ZipRadius: 当给定起始邮政编码和半径(单位:英里)时, 在该数据框下, 可生成对于等美国邮政编码及其到给定邮政编码的距离.

essurvey：欧洲社会调查（European Social Survey）下载所需数据

mleap：为MLeap提供了sparklyr扩展，可以导出Apache Spark管道

rdfp：提供谷歌DFP（DoubleClick for Publishers）的访问接口

hdf5r:提供一个使用R6类的HDF5 API的面向对象包装器。

odbc：可以使用DBI接口来创建一个数据库连接，只要满足ODBC连接即可使用此包进行便          捷的连接功能。

RMariaDB：实现与MariaDB and MySQL数据库兼容的DBI接口。

geoops v0.1.2:   提供针对用GeoJSON地理空间数据进行格式转换的工具.

linl v0.0.2:   添加LaTeX字符类到rmarkdown，使用与rmarkdown相适应的pandoc-letter模板.

rcreds v0.6.6:    提供从加密文件读取和写入凭证的功能.

RMariaDB v1.0-2:   实现与MariaDB and MySQL数据库兼容的DBI接口.

securitytxt v0.1.0:  提供识别和解析security.txt文件的工具，使之能够分析并采用Web安全策略草案标准.

 usethis v1.1.0:    自动化包和项目设置任务，包括建立单元测试，测试覆盖率，持续集成，Git，GitHub，许可证，RStudio项目等等，否则需要手动执行.

 xltabr v0.1.1:   它提供了可以使用[openxlsx](https://cran.r -project.org/package= openxlsx)来生成良好格式化的跨列表的函数，它已经被开发用来帮助自动化发布官方统计数据

photobiologySun：提供外星太阳光谱辐照度、地平面太阳光谱辐照度的数据

Matrix

MASS

gsl

polynom

signal

GetLattesData：实现了一个API，支持从Lattes直接下载和读取XML数据

 

数学

Rpolyhedra：多面体数据库

CovTools：协方差分析的统计工具

pointdexter：多边形内的标签点

GMMAT：广义线性混合模型关联试验

fromo：支持向量和矩阵的计算，以及矩阵的单点追加。

plsdof：最小二乘回归

mpoly：多项式计算

MonteCarlo：蒙特卡洛模拟方法

mlogit：多项式逻辑模型

bigalgebra：矩阵及大型矩阵计算。

Delaporte：Delaporte分布统计函数

doremi: 支持利用微分方程和线性混合效应回归函数来估计方程的特征参数.

bivariate : 提供用于构造、绘制双变量概率分布的便捷函数.

eikosograms: eikosogram（来自古希腊εὶκὀσ的概率图 ）将单位正方形划分为矩形区域，其区域、边和宽度表示与一个或多个分类变量的值相关联的各种概率.

freegroup：支持进行抽象数学（抽象代数）的相关分析与应用

SimCorrMix：提供生成具有特定相关矩阵等连续（正态、非正态、混合分布）、二元、有序变量的方法等

 

可视化

gganimate：在R中绘制动态图

IPWboxplot：存在缺失对象的箱型图绘制

OutliersO3:绘制异常值O3图

handyplots：快速绘制图形，Q-Q图、箱型图、置信区间等

WVPlots：常见数据分析可视化绘制

gplots：提供可视化数据绘制工具

vioplot：小提琴图

rainbow：条形图、箱型图、彩虹图绘制

treemapify：在ggplot2中绘制树状图

ezplot：常见图表绘制函数集

spaceRGB：RGB定义工具

r2d3: 3D可视化工具

discoveR：通过shiny实现的可视化探索性数据分析接口，包括聚类、主成分分析等

scico：基于科学色彩地图的颜色板

DesignLibrary: 提供一个简单的界面来构建设计，允许用户在一系列参数组合(如效果大小、样本量和分配概率)之间比较给定设计的性能.

survsup : 实现绘制生存曲线的函数.

ggjoy

r2d3:利用D3库进行数据的动态和交互式的可视化

rgl：3D可视化

ggplot2:高级绘图包

ggplotgui：支持shiny app创建和优化ggplot2图形，并产生要求的R代码

lattice：高级绘图包

corrplot

plotly：基于网络的ggplot2交互地图

wordcloud2:绘制词云

ggjoy：joyplots提供了时间和空间分布的变化

DescriptiveStats.O Beu:包含部分函数为OpenBudgets.eu数据集提供估计和返回可视化所需的相关参数。

 iheatmapr v0.4.2:   支持绘制复杂的、交互式的热图.

 otvPlots v0.2.0:   支持自动可视化变量分布，并为大型数据集计算时间汇总汇总统计数据

 

统计学

homomorpheR：同态计算

HARModel：异构自回归模型

npsm：非参统计建模

GAS：广义自回归评分模型

ado：过度分散数据分析

riskRegression：风险回归模型与竞争风险生存分析的预测分数

ROCit：基于可视化的二元分类器性能评估

plot3logit：三项式回归模型的三元图

weibulltools：生命周期分析。例如汽车里程数

dominanceanalysis：优势分析

nlreg：非线性模型的高阶推理

concurve：计算和绘制置信度

pairwise：基于配对算法的Rasch模型参数

hyper.fit :超平面你和和可视化。允许用户产生强大的一维线性类型数据、二维平面适合数据，以及n维数据集的任何（n-1）超平面模型。

gendist：生成概率分布模型

MVN：多变量的正态分布检验

JointNets：稀疏高斯图形模型估计、可视化和评价。

Fstability：有两个函数帮助计算特征稳定性。

CPAT：变点分析测试。

glmmboot：混合效应和普通模型的模拟抽样方法。

miWQS：多重加权分量分析。

svydiags：用于调查数据的线性回归模型诊断。

netmeta：基于频度的Meta网络分析法

rsample：通过函数和类验证不同类型的样本（如交叉验证）

Rnmr1D : 提供从自由感应衰变的原始数据处理质子核磁共振谱的功能，参见Jacob et al.

bcaboot: 提供函数以一种几乎自动的方式计算bootstrap置信区间.

blandr：包含进行Bland Altman分析功能（也被称为杜克均值差图）

cnbdistr：提供条件负二项分布函数

dqrng：具有良好统计特性的快速随机数生成器，包括Mersenne-Twister（64位）、pcg64、Xoroshiro128、Xoroshiro256

XGBoost：高效的算法包

cultevo：距离矩阵相关性等Mantel检验

adaptiveGPCA：自适应的主成分分析算法实践

sfdct：支持针对简单的对象构建德劳内三角

cnbdistr：条件负二项分布的分布函数

llogitstic：密度、分布、带参数的l-logistic分布分位数和随机数生成函数

RBest：提供支持贝叶斯证据合成的工具集，包括荟萃分析、历史数据的先验推       导、操作特性分析

SMM：提供了多状态离散时间半马尔可夫和马尔可夫模型多模拟和估计功能。

BayesRS：适用于分层线性贝叶斯模型，并计算出与savge-dickey密切比有关的群参数的贝叶斯因子。

CovTools：提供了几何和推理工具，方便分析协方差结构和多元统计中的协方差分析。

emmeans：提供了许多函数，计算线性／广义线性／混合模型的估计边际均值（EMMS）

BayesRS v0.1.2:   适用于分层线性贝叶斯模型，并计算出与savage - dickey密度比有关的群参数的贝叶斯因子(见Wetzels et al.(2009).

CatPredi v1.1:    允许用户通过最大化模型的判别能力，将连续预测变量分类为逻辑推理或Cox比例风险回归设定，可参见Barrio et al. (2015) and Barrio et al. (2017).

CovTools v0.2.1:   提供了几何和推理工具，方便分析协方差结构和多元统计中的协方差分析，可参见Schervish (1987).

genlogis v0.5.0:   对Rathie和Swamee (2006)提出的广义逻辑回归分布提供了基本的分布函数.

 emmeans v0.9.1:  提供了许多函数，计算线性/广义线性/混合模型的估计边际均值（EMMS）. 

 

贝叶斯

BayesMallows：基于Mallows Rank模型的贝叶斯偏好

bayesCT：自适应贝叶斯临床试验的模拟与分析

bssm：非线性和非高斯状态空间模型的贝叶斯推理

abn：广义线性模型、多元线性回归、最优贝叶斯网络模型。

BHSBVAR：构造贝叶斯向量自回归模型。

RSE：贝叶斯加权估计。可用来估计其他生态样本中新发现的稀有物种的数量

tidybayes: 提供组合数据的功能，以整齐的数据格式从贝叶斯模型（JAGS、Stan、rstanarm、brms...）中提取、操作和可视化.

BACCO

bayesm

bayesSurv

LaplacesDemon

MIBayesOpt：提供了一套支持贝叶斯优化方法的计算框架，辅助支持向量机、随机森林和极端梯度增强模型优化超参数。

 

生物医学

BGData：大基因组数据分析套件

getTBinR：获取世卫组织结核病数据

ICDS：肿瘤功能障碍鉴定亚途径，基于DNA甲基化、复制数变异和基因表达的数据

UCSCXenaTools：从UCSC Xena数据库获取数据和探索分析

genoPlotR：绘制人口基因组与基因地图

bayesCT：自适应贝叶斯临床试验的模拟与分析

PTE：个性化治疗评估。为个性化的医学模型提供推断。

NetworkToolbox：脑、认知、心理网络分析方法

MetabolicSurV：利用代谢组学特征进行分类和预测生存的生物标志物验证方法

cliqueMS：代谢组学分析工具

simcdm：模拟认知诊断模型数据

Eagle：在基因组范围内实现多位点关联映射。基于线性混合模型，适合于连续性状的数据分析。

Buddle：使用深度学习方法实现统计分类。案例数据包括临床试验患者的统计分类、预测疾病的临床分析。考虑到今日疾病的负面影响，及时正确的对病患进行确诊，在临床中是关键的。确定高危患者群体，并在适当时机安排医疗方案。借助深度学习方法，帮助在各种具有挑战性的临床试验中寻找答案。

webddx：在线诊断生成工具。用户可以生成列出给定的一组症状鉴别诊断，web工具可能会被用于临床实践，但方案交互和数据操作能大大提高效率和再现性研究临床信息。

GenoScan：用于全基因组序列分析的全基因组扫描统计框架

benford.analysis: 基于Benford方法的数据验证和法医鉴定。

bamp：贝叶斯年龄-时期队列模型。使用马尔可夫链和蒙特卡洛模拟方法。

epibasix：提供流行病学及生物统计学的基本流行病学函数

speaq：OOL核磁共振波谱对其，基于峰值处理、定量分析和可视化。

SimInf：大规模流行疾病传播的模拟仿真。模型采用马尔可夫链、吉莱斯皮随机模拟算法。

pathfindR：通过提供的基因列表识别蛋白质-蛋白质相互作用路径，并对已确定的子网络实现途径强化分析，确定具有代表性的路径。帮助研究人员能够发现表行背后的机制。

BioInstaller：生物信息学资源集合

UCSCXenaTools: 顶级基因库. 支持对USCS Xena数据中心等数据访问. 是UCSC托管等公共数据库的集合.

DSAIRM: 提供一组Shiny应用程序,实现动态模拟系统, 探索宿主免疫反应.

localIV: 提供使用局部工具变量估计边际治疗效果的函数，参见Heckman et al. (2006)、Zhou and Xie (2018)

epiflows:提供用于处理、可视化区域间流行病流动的功能和类别, 以及用于预测疾病传播的统计方法.

GROAN：一个测试基因组回归准确性的工作台。

grf：提供了非参数最小二乘回归、量化回归和治疗效果估计的方法

chromoMap：人类染色体的交互式图形可视化，引入染色体热图

DrInsight：能够反向查询疾病表型或者查询相似功能药物

CytobankAPIstats：提供了从细胞库获取和处理细胞数据的工具。

SympluR：通过访问Symplur接口，提供了对医疗社会图（Healthcare Social Graph）进行数据分析的功能

cRegulome：提供方法来构建预计算的转录因子或microRNA的SQLite数据库文件，数据源于Cistrome和miRCancerdb数据库

detectRUNS：提供滑动窗口（Purcell等）和连续运行（Marras等）等方法，检测二倍体基因组中纯合性和杂合性的运行。

malariAtlas:从疟疾地图集项目服务器下载公共可用数据。

 

机器学习

gclus：聚类绘图

greybox：建模与预测分析工具

automl：Metaheuristic方法深度学习

ordinaLBM：基于连续随机变量的聚类

protoclust：使用原型的聚类

ANN2: 使用ANN方法实现异常检测。

MachineShop：机器学习模型和工具。

discoveR：通过shiny实现的可视化探索性数据分析接口，包括聚类、主成分分析等

CRF：条件随机场。是一种无向图模型，它的目标是寻找在条件概率最大情况下的一种组合，应用于命名实体识别、文本浅层分析等信息抽取任务等实验，实现句法语义自动标注。基于模式匹配、机器学习、支持向量机方法。可用于复杂的最长名词短语识别、汉语词法分析研究。

geoveg：社区数据分析，提供自动树种的选择和排序图，计算和天气表的排序等。

DALEX2: 描述机器学习的解释。

FLSSS：组合优化问题中的子集和族。挖掘真实值和预定义的子集。

embed：通过广义线性模型实现因子预测。

clustvarsel：高斯模型聚类

whilboclustering：白盒的聚类算法实现。这周方式可以重新创建现有聚类算法。

dials: 提供用于创建无法从数据直接估计模型参数的工具.

optional：可选模型和模式匹配

naniar：数据结构/概要/可视化数据缺失值的填补

modi：多元异常值检测与数据缺失填补

mma：多个中介（媒介/介质/载体）分析

CARS：辅助排序和大型双样本刷选

caret：分类和回归训练

assertive.matrices:断言检查矩阵的性质

merlin: 根据Crowther(2017)开发的框架，提供适合线性、非线性和用户自定义的混合效应回归模型的函数.

MRFcov: 提供估计马尔可夫随机场图形网络的节点交互参数的函数

SCPME: 提供函数，支持通过扩展ADMM算法估计惩罚精度矩阵，如Molstad和Rothman(2018)所述.

survxai: 支持创建生存模型的统一表示，可以由各种生存解释器进一步处理.

tosca: 提供内容分析中的统计分析框架.

tsmap: 实现Matrix Profile 概念以进行分类.

autoBagging:实现了一个自动化机器学习框架，重点是装袋工作流程的优化

grf：提供了非参数最小二乘回归、量化回归和治疗效果估计的方法

iRF：提供功能以迭代地增长特征加权的随机森林，并以一种稳定的方式发现高阶交互特征。

keras：实现了Keras的接口，这是一种高级神经网络API，运行在TensorFlow之上

randomForestExplainer：提供一组工具来帮助解释随机森林中哪些变量最重要。

DALEX：提供各种解释器，帮助理解机器学习模型中输入变量与模型输出之间的关联关系。

forestControl：借助Konukoglu和Ganz所提供的方法，在随机森林的频率选择中控制假阳性率。

kmed：基于Park和Jun的方法，实现了基于距离的k-medoids聚类算法，并通过重新排序矩阵算法生成图来验证聚类族

lolR：维度超过样本大小的情况，实现了最佳低秩投影算法

projpred：提供了广义线性模型进行投影预测特征选择的方法

RGF：

apcluster :聚类

clusterSim:聚类

clustMixType:聚类

evclust:聚类

trimcluster:聚类

apcluster:聚类

 

时间序列

NlinTS：非线性时间序列分析

ftsa：功能时间序列函数

ctmm：连续时间移动模型

segMGarch：通过高纬度数据实现了一个分割为多个变点的检测算法，研究数据集或其子集的时间序列变点。

tsxtreme：基于贝叶斯方法的时间序列分析。根据时间序列的极值依赖结构的特性，避免预处理和筛选高峰/阈值的方法。

NTS：非线性实践序列分析。

beyondWhittle：非参数/半参数的单变量/多变量时间序列的贝叶斯分析

mets：多元事件时间序列分析

ctsem：连续实践结构方程建模

ordinalCont：连续尺度的顺序回归分析

hpiR: 提供计算房价指数和序列的功能，并基于准确性、波动性和修正统计来评估指数的好坏.

STMotif: 提供函数来识别空间-时间序列中的基序(先前识别的子序列).

trawl : 提供模拟和估计Veraart(2018)中描述的整数值拖网过程的函数，以及模拟来自二元负二项和二元对数分布的随机向量.

sweep：提供tidyverse作为时间序列预测工具。

timetk：针对时间序列问题，提供了一系列工具套件。

lubridate:轻量级时间序列操作包，包含大量时间序列处理函数

segclust2d：二元时间序列的分割、联合分割、聚类

tstools：绘制官方统计时间序列

 

综合学科

worrms：世界海洋物种登记（WoRMS）客户端

qgraph：心理学数据可视化方法工具

raster：地理数据分析与建模

phreeqc：地球化学建模软件的R接口

nhdR：国家水文数据集的工具

metScanR：环境数据分析工具

ropenaq：从OpenAQ上下载空气质量数据

KnowBR：物种多样性数据库研究

stacomiR：鱼类迁徙检测

landscapemetrics：分类地图

psychotools：心理测定模型基础架构

forestChange：基于全球森林变化（森林区和森林破碎化）计算的生物多样性变量的指标。

rvacon：基于贝叶斯方法的年龄-深度模型。使用放射性C衰变&历史

AeRobiology：大气生物学数值计算工具。

capm：人口动力学建模

asnipe：动物社会网络分析。对社会网络数据进行多元回归分析。

gasfluxes：温室气体流量测定

openair：空气污染分析工具，数据为小时序列。包含的功能也可用于气象和交通分析。

meteoForecast:数值气象预报

fdq：森林数据。

essurvey：欧洲社会调查（European Social Survey）下载所需数据

fishmethods：渔业学科建模和方法