环境配置情况：
apache安装目录：d:\www-s\apache
php目录：d:\www-s\php5
mysql目录：d:\www-s\mysql
网站根目录：d:\www\htdocs
专门为运行Apache运行所使用的用户：apache-u（可不隶属于任何用户组）
PS：这里只说Windows下Apache应用环境相关的目录权限设置，至于其他基本的服务器目录权限设置就不提啦！
Windows下Apache应用环境塔建目录安全设置操作步骤：
配置目录权限
Apache所在的根目录（也就是D盘），只需要读取的权限，并且这个读取权限不需要继承到子目录与文件（可以在权限设置高级里选择――应用到：只有该文件夹――权限：列出文件夹/读取数据， 读取属性，读取扩展属性，读取权限――确定）。
Apache安装目录的上级目录（d:\www-s），需要“读取”的权限（和根目录D盘的权限雷同）。
Apache安装目录，需要“列出文件夹目录”和“读取”的权限（可以为了方便使用继承）。
Apache安装目录下的子目录权限设置
“bin”和“modules”目录需要“读取和运行”、“列出文件夹和目录”、“读取”的权限。
“logs”目录需要“列出文件夹和目录”、“读取”、“写入”的权限（若Apache安装目录的权限使用啦继承，可只添加“写入”权限即可）。
到这里Apache的权限已经设置完毕，接下来设置PHP的权限
PHP目录（PHP5）可简单的设置为“读取和运行”、“列出文件夹和目录”、“读取”的权限。
Mysql目录下的bin文件夹和文件（mysql）需要为添加apache用户的“遍历文件夹和运行文件”、“列出文件夹和读取数据”的权限（可以在权限高级设置里找到）。
到这里Apache+Mysql+Php已经基本可以使用，接着配置网站根目录权限
网站根目录（www\htdocs）的上级目录www需要读取（“列出文件夹和读取数据”、“读取属性”、“读取扩展属性”、“读取权限”）的权限（和Apache的上级目录权限雷同，不需要继承到子目录和文件中去）。
网站根目录（htdocs）可简单的设置“读取”权限就可以啦（然后可以根据需要对缓存文件夹设置可写权限）。
到这里Apache+PHP+Mysql的环境受限制权限设置基本完成。
为Apache服务启用受限制用户
进入服务管理器（Services.msc，或者“我的电脑――属性――管理――服务”），找到Apache的服务项（Apache2.2），设置属性，登录用户选择受限用户（Apache-u）输入受限用户的密码，应用，确定。
这里“确定”之后一般会有提示（已授予账户.\apache-u“以服务方式登录”的权利）。这个提示相当于在组策略（开始->管理工具->本地安全策略，或者使用gpedit.msc打开）中的“用户权利分配”中选择“作为服务登陆”，添加apache-u用户。
可在任务管理器中查看httpd.exe进程的用户名为apache-u，使用PHP+Mysql的程序都可正常运行。
到这里已经完成啦“Windows下Apache应用环境目录权限”的受限制使用设置。
补充3：
可以在目录（具有可写权限的）下建个 .htaccess 内容写上：
RewriteEngine On
Order Allow,Deny
Deny from all
Allow from all
css和js为允许的文件扩展类型！
补充2：
1.Apache的权限设置错误提示
apache目录，php目录，网站目录中的一个权限设置不够都不能正常启动Apache服务，一般提示为：
Windows 不能再 本地计算机 启动 Apache2.2。有关更多信息，查阅系统事件日志。如果这是非 Microsoft服务，请与服务厂商联系，并参与特定服务错误代码 1。
查看系统事件日志中的提示为：
Apache2.2 服务因 1 (0×1) 服务性错误而停止。
若是php的权限配置错误会在应用程序事件日志中有记录。
2.另外Mysql的目录权限配置错误，不会对正常启动Apache服务造成影响，但不能网站程序使用Mysql服务（PHPINFO中显示并没有加载Mysql模块）。
补充1：
这个东东在本地机子上用来做测试基本是不用理会这些权限的，因为默认是使用系统用户来启动这个Apache服务的！不过若是暴露在外网就很危险啦！
安全是全方面的架构考虑，这里说的仅仅是冰山一角，不能以点盖面！
发现有遗漏的地方欢迎指正。。