采用 Java 持久化框架：选择、时机和优缺点？这篇文章比较了Entity Enterprise Java Bean 、Java Persistence API 、Hibernate和TopLink，非常的详细和清楚。英文版在这。
文中提到了JDO，但并没有展开说。
Java Data Objects (JDO) is a standard way to access persistent data in databases, using plain old Java objects (POJO) to represent persistent data.
JDO官方文档在这里。
严格的说，JDO 并不是对象-关系映射接口，因为它支持把对象持久化到任意一种存储系统中，包括关系数据库、面向对象的数据库、基于XML的数据库，以及其他专有存储系统。由于关系数据库是目前最流行的存储系统，许多JDO的实现都包含了对象-关系映射服务。
维基百科上JDO与JPA的对比：
JDO, from an API point of view, is agnostic to the technology of the underlying datastore, whereas JPA is targeted to RDBMS datastores (although there are several JPA providers that support access to non-relational datastores through the JPA API, such as DataNucleus and ObjectDB).
Leading JDO commercial implementations and open source projects also offer a JPA API implementation as an alternative access to their underlying persistence engines, formerly exposed solely via JDO in the original products。
关于java持久化技术的发展可以看看这本书
《IBM最佳实践：Java企业级持久化技术指南》。由IBM五位经验丰富的架构师共同撰写，总结他们多年来在工作中的心得体会，整理了JDBC、iBATIS、Hibernate、Java Persistence API和pure Ouery等持久层技术的典型应用案例，让开发者在分析、设计、构建、测试、部署、运营和维护阶段都可以进行参考。