fst

计算Fst,Pi,Tajimi'D based on SNP vcf file

(2015-06-24 16:04:29)

标签： bioinformatics

分类：bioinformatics

Fst:

 

Fst(Fixation index)通常用来衡量population之间的geneticdistance。1说明两个population是完全独立的。0说明两个population之间自由interbreeding。Fst值越大，说明geneticdistance越远。值越低，说明大多数的genetic variation是发生在同一个population的。

 

Tajimi'D:

 

Tajimi's D是一种统计检验。它主要用来区分一个DNAsequence是random还是non-randon进化的，是不是directionalselection。T=0说明没有进行选择，T>0说明sudden populationcontraction，而<0则说明population expansion after a recentbottleneck。

 

Pi主要用来衡量每个site的nucleotide divergency。

 

这几个参数同样可以通过vcftools来计算：

 

vcftools：

vcftools --vcf test.vcf  --window-pi3000  --out Tenera

vcftools --vcf test.vcf  --TajimaD3000  --out Tenera

vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop A2.txt --weir-fst-popA134567.txt --fst-window-size 3000 --outA2.all.Fst 

 

通过一些参数的设置，我们可以删选出positive selection的区域，从而进行关联分析，找到可能起作用的gene。